株式譲渡と事業譲渡と会社分割を比較し最適な手法を選ぶ

株式譲渡と事業譲渡の違い｜会社分割も含め選び方を解説

株式譲渡と事業譲渡では、譲る対象、代金の受取人、税金、従業員・契約・許認可の引継ぎが異なります。会社売却や一部事業の切出しを検討する経営者向けに、メリット・デメリット、手取り額、負債リスクを整理し、会社分割を含めた選び方を解説します。

目次

1. 株式譲渡と事業譲渡では何が変わるのか
2. 譲渡代金と税金の違いが手取りを左右する
3. 従業員・契約・許認可の引継ぎを比べる
4. 負債と簿外リスクをどこまで引き継ぐか
5. 会社売却の目的から譲渡手法を選ぶ
6. 会社分割を組み合わせるべき場面
7. 譲渡手法を決める前に確認したいこと
8. まとめ

▶目次ページ：M&Aの種類・方法（M&Aスキームの概要）

「会社を売る」と「事業を売る」は、似た言葉ですが、取引後に残るものが違います。

M&A（合併・買収）の手法を決めるときは、手続の軽さだけでなく、会社の法人格、譲渡代金の受取人、従業員の雇用、負債の扱いまで確認しなければなりません。

株式譲渡は、株主が株式を売却し、会社の経営権を買い手へ移す方法です。事業譲渡は、会社が持つ事業や資産を選び、買い手企業へ移す方法となります。

会社全体を第三者へ承継し、経営から退くなら株式譲渡が中心です。複数事業の一部だけを売却し、残る事業を続けるなら事業譲渡が候補になります。

株式譲渡では、対象会社の株主が保有する株式を買い手へ譲渡します。買い手が経営を支配できる割合の株式を取得すると、新たな株主として会社の経営権を持つ仕組みです。

会社そのものは同じ法人として存続します。資産、負債、従業員との雇用契約、取引先との契約も、原則として対象会社に残ったままです。

譲る対象は会社の資産ではなく株式であり、取引の当事者は株主と買い手になります。

株式譲渡は「株主名簿を書き換えるだけ」と説明されることがありますが、実際にはそう単純ではありません。非上場会社では株式に譲渡制限が付いていることが多く、定款に従った承認手続、株式譲渡契約、代金決済、株主名簿の書換えなどが必要です。

買い手によるデューデリジェンスも行われます。デューデリジェンスとは、対象会社の財務、税務、法務、労務などを事前に調査することです。

買い手は、対象会社が過去から抱えている問題も含めて引き受けます。

未払残業代、税務上の申告漏れ、訴訟、環境問題、回収できないおそれがある債権などが、買収後に判明することも。意外と多い落とし穴です。

経営者側も、株式を譲渡すればすべての責任から自動的に離れられるわけではありません。金融機関への個人保証や担保は、株式譲渡だけでは消えないため、買い手や金融機関と解除・差替えを協議する必要があります。

役員を退任した後も、一定期間の引継ぎを求められる場合があります。

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事業譲渡では、売り手企業が特定の事業に関係する資産、契約、ブランド、顧客基盤、従業員などを選び、買い手企業へ譲渡します。

取引の当事者は売り手企業と買い手企業であり、譲渡代金は株主個人ではなく、事業を売った会社に入ります。

会社の法人格は残ります。たとえば、3つの事業を営む会社が不採算部門だけを売却し、成長分野へ経営資源を集中することも可能です。

反対に、主力事業を譲渡し、会社を資産管理会社などとして残す設計もあります。

売り手企業は、譲渡する事業や資産を選べます。残したい事業、不動産、現預金、借入金などを整理し、買い手との交渉で譲渡範囲を決められる点が強みです。

買い手側も、必要な事業だけを取得し、不要な負債や過去のリスクを原則として切り離せます。

対象会社全体の買収には慎重な買い手でも、収益性の高い部門だけなら取得を検討することがあります。

資産や契約を個別に移すため、実務負担が大きくなりやすい方法です。

取引先の同意、賃貸借契約の切替え、資産の名義変更、知的財産権の移転、許認可の取得などを、譲渡日までに進めます。抜け漏れがあると、譲渡後に事業が動かなくなるおそれもあります。

従業員の雇用契約も自動では移りません。対象となる従業員から個別に承諾を得たうえで、買い手企業への転籍条件を調整します。

給与、勤続年数、退職金、勤務地などが変わる場合、説明が遅れるほど不安や離職につながりやすくなります。

譲渡価格が同じでも、株式譲渡と事業譲渡では最終的な手取りが同じとは限りません。誰が代金を受け取り、どの税金がかかるかが異なるためです。

M&A実務では、価格交渉がまとまった後に税額を試算し、「思っていたほど個人に残らない」と気付くことがあります。

譲渡手法を決める前に、会社と株主の双方で資金の流れを確認することが大切です。

個人株主が非上場株式を譲渡した場合、譲渡価額から株式の取得費と譲渡費用を差し引いた譲渡益に対して、所得税と住民税などが課されます。

一般株式等の譲渡益は申告分離課税となり、通常の実質税率は20.315％です。内訳は、所得税15％、住民税5％、所得税額に対する復興特別所得税となります。

ただし、株主が法人であれば、譲渡益は法人税等の対象です。

また、株式の取得費が分からない場合は、税額が変わる可能性があります。古い株主名簿、出資時の資料、株式の相続関係書類などを早めに確認しておく必要があります。

事業譲渡では、譲渡代金から譲渡した資産の帳簿価額などを差し引いた利益が、売り手企業の所得に含まれます。

そのため、法人税、地方法人税、法人住民税、法人事業税などを考慮します。実際の税負担は、会社の利益、所在地、資本金、繰越欠損金の有無などによって異なります。

さらに、機械、建物、在庫、営業権などの課税資産を譲渡すると、原則として消費税の対象です。一方、土地や有価証券などは取扱いが異なります。

譲渡価格を資産ごとに合理的に分けなければ、売り手と買い手の税務処理が合わなくなることがあります。

事業譲渡の代金は会社に入るため、経営者個人がそのまま使えるわけではありません。

会社から個人へ資金を移すには、配当、役員報酬、退職金、会社清算時の分配などの方法があり、その段階で個人側の税負担が生じる可能性があります。

したがって、法人税率と株式譲渡の税率だけを比べても結論は出ません。譲渡後に会社を続けるのか、清算するのか、残る事業へ再投資するのかまで含め、最終的な手取り額を試算します。

価格と税金ばかりに目が向き、引継ぎの実務が後回しになることがあります。

しかし、従業員、主要顧客、仕入先、賃貸借契約、許認可が引き継げなければ、買い手が評価した事業価値そのものが失われかねません。

株式譲渡では、対象会社の株主が変わるだけで、従業員の雇用主である会社は変わりません。雇用契約は原則として継続し、勤続年数や就業規則もそのまま残ります。

ただし、経営者が変わることへの心理的な不安は残ります。

重要な従業員が退職すれば、会社の価値は下がります。情報漏えいを防ぎながら、誰に、いつ、どのように説明するかを買い手と決めておく必要があります。

事業譲渡で従業員を買い手企業へ移すには、原則として一人ひとりの同意が必要です。

売り手企業を退職して買い手企業へ入社する形が一般的であり、未消化の有給休暇、退職金、勤続年数の通算、社会保険の切替えなどを具体的に決めます。

同意しない従業員を無理に転籍させることはできません。中核人材が移らなければ、譲渡価格や成約条件が見直される場合があります。

早すぎる説明は情報流出の原因となり、遅すぎる説明は不信感を招きます。説明の時期と順番が重要です。

株式譲渡では会社が同じため、契約や許認可は原則として継続しやすいものの、例外があります。

契約書に、支配株主の変更を理由として解除や事前承諾を求める条項が入っていれば、取引先への対応が必要です。このような条項を、チェンジ・オブ・コントロール条項といいます。

事業譲渡では、取引先との契約は通常、相手方の承諾を得て移転または再締結します。

許認可も自動で承継できるとは限りません。業種ごとの法律に従い、新規取得、変更届、承認などを進めます。許可がなければ営業できない業種では、譲渡日から逆算した準備が欠かせません。

買い手が株式譲渡より事業譲渡を希望する理由として多いのが、過去のリスクを切り離したいという意向です。

一方、売り手経営者は会社全体を手放したいと考えるため、双方の希望がぶつかることがあります。

株式譲渡では、借入金や買掛金だけでなく、会社に潜む簿外債務や偶発債務も対象会社に残ります。

簿外債務とは、決算書に十分表れていない債務です。偶発債務とは、訴訟など将来の出来事によって発生する可能性がある債務をいいます。

買い手はデューデリジェンスで財務、税務、法務、労務、事業の状態を調べ、問題があれば価格調整や契約条件で対応します。

売り手が事実を正確に開示し、株式譲渡契約に表明保証と補償を定めることも重要です。表明保証とは、財務や法務など一定の事項が正しいと売り手が約束する条項をいいます。

問題を隠したまま成約すると、譲渡後の補償請求や紛争につながります。

事業譲渡では、譲渡する資産と負債を契約書で特定します。

買い手は不要な借入金や係争を引き継がず、必要な設備、在庫、契約、知的財産などに対象を絞れます。

ただし、事業に関する責任が常に完全に遮断されるわけではありません。商号の使用、債務を引き受けるとの表示、製品事故、労務問題など、取引の内容によっては買い手側の責任が問題になる場合があります。

「資産だけを買えば安全」と考えず、買い手は対象事業についても事前調査を行う必要があります。

株式譲渡でも事業譲渡でも、経営者の個人保証は自動的には解除されません。

金融機関の承諾を得て、保証の解除、買い手側の保証への差替え、借換えなどを行います。

会社売却後に保証だけが残る状態は避けなければなりません。基本合意や最終契約の段階で、保証解除を成約の条件にするか、解除できなかった場合の対応を決めておくことが大切です。

どちらの手法が有利かは、税率だけでは決まりません。

経営者が会社売却後に何を残したいのか、買い手がどのリスクまで受け入れられるのかによって、適切な方法は変わります。

株式譲渡は、後継者がいない会社を第三者へ承継し、経営者が引退したい場合に向いています。

会社全体を一体として残せるため、従業員の雇用、商号、取引関係、許認可を維持しやすいからです。

単一事業の会社、重要な契約や許認可が多い会社、個別移転が難しい資産を持つ会社でも候補となります。個人株主が譲渡代金を直接受け取りたい場合も、株式譲渡との相性がよいでしょう。

ただし、簿外債務や株主の分散があると、買い手は慎重になります。

少数株主の同意が得られない、株主名簿が整っていない、個人資産と会社資産が混在しているといった問題は、会社売却の準備段階で整理します。

事業譲渡は、複数事業のうち一部だけを売却したい場合に向いています。

不採算事業から撤退する、成長事業へ集中する、後継者がいる事業だけを残すといった「選択と集中」に使いやすい方法です。

対象会社に多額の負債や訴訟リスクがあり、株式譲渡では買い手が見つかりにくい場合も、健全な事業だけを切り出すことで交渉の余地が生まれます。

一方、従業員や取引先の同意が得られなければ、事業価値を維持できません。譲渡対象となる契約や資産が多いほど、手続と費用が増える点も考慮します。

売り手は、手続が比較的少なく、代金を個人で受け取れる株式譲渡を望み、買い手はリスクを限定できる事業譲渡を望むことがあります。

この場合、どちらか一方の希望だけで決めると交渉が止まります。

価格調整、表明保証、補償金額の上限、不要資産の事前整理などを組み合わせれば、株式譲渡でも買い手の不安を減らせることがあります。

反対に、事業譲渡で生じる税負担や手続負担を、譲渡価格へ反映する交渉も考えられます。

「事業だけを切り出したいが、契約を一件ずつ移すのは難しい」。こうした場面で検討されるのが会社分割です。

会社分割は会社法上の組織再編であり、分割契約または分割計画に定めた権利義務を、既存会社や新会社へまとめて移します。

既存会社へ事業を移す方法が吸収分割、新しく設立する会社へ移す方法が新設分割です。

事業譲渡と異なり、対象となる権利義務を包括的に承継できるため、多数の契約を移す場面では、個別に契約を結び直す負担を抑えられる可能性があります。

従業員についても、分割契約や分割計画に定めた労働契約を承継できます。ただし、労働契約承継法に基づき、従業員や労働組合への通知、従業員との協議、異議申出への対応などが必要です。

会社分割では、債権者保護手続、書類の事前・事後の備置、登記などの法定手続も行います。原則として株主総会の承認が必要ですが、簡易分割や略式分割など、一定の条件を満たせば省略できる場合があります。

許認可が当然に引き継がれるとは限らず、税務上も適格分割に該当するかどうかで課税関係が大きく変わります。

残したい事業と売りたい事業が同じ会社にある場合、会社分割で一方を別会社へ移した後、売却対象会社の株式を譲渡する方法があります。

これにより、買い手は必要な事業を会社単位で取得し、売り手は残したい事業を保有し続けられます。

この方法は、事業譲渡の柔軟さと株式譲渡の承継しやすさを組み合わせられる一方、会社法上の手続、税務、会計、債権者対応が複雑です。

M&Aの直前に慌てて実行するとスケジュールが崩れるため、早い段階から検討する必要があります。

譲渡手法は交渉の途中でも変更できますが、取引の後半になるほど、税務試算、買い手の社内決裁、融資審査、従業員説明などをやり直す負担が増えます。

初期段階で経営者の希望と対象会社の状況を整理すると、交渉の迷いを減らせます。

・会社全体を譲るのか、一部事業を残すのか

・譲渡後に経営から退くのか、一定期間残るのか

・譲渡代金を個人で受け取りたいのか、会社で再投資するのか

・個人保証、担保、役員貸付金をどのように解消するのか

・残したい不動産、現預金、保険、車両などがあるか

・少数株主や名義株が存在しないか

ここが曖昧だと、買い手候補が見つかっても条件を決められません。

経営者本人の希望だけでなく、家族、共同株主、後継者候補の意向も確認しておきます。

・主要な顧客、仕入先、賃貸借契約に承諾条項があるか

・事業に必要な許認可を買い手が取得または承継できるか

・転籍が必要な従業員と重要な人材は誰か

・簿外債務、未払残業代、税務リスク、訴訟がないか

・譲渡対象資産の所有者と帳簿価額が正しいか

・譲渡後の運転資金とシステム切替えをどうするか

資料を集めると、当初は株式譲渡を想定していた会社でも、事業譲渡や会社分割の方が現実的だと分かる場合があります。

反対に、事業譲渡を選んだものの、契約の個別移転が難しく、株式譲渡へ変更するケースもあります。

税負担だけを小さくしても、従業員が移らず事業を続けられなければ意味がありません。

法務上は実行できても、買い手が融資を受けられず、成約しないこともあります。

そのため、企業価値、手取り額、契約承継、許認可、個人保証、従業員対応を同じ時点で確認し、複数の方法を比べることが重要です。

最も税率が低い方法ではなく、成約の可能性と譲渡後の安定まで含め、無理なく実行できる方法が選ばれることも少なくありません。

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株式譲渡は会社の経営権をまとめて移し、事業譲渡は必要な事業や資産を選んで移す方法です。代金の受取人、税金、従業員・契約・許認可、負債リスクの扱いが異なります。経営引退か一部事業の整理かを明確にし、手取り額や個人保証まで早めに試算したうえで、会社分割も含む複数の方法から実行可能な手法を選ぶことが大切です。