M&A事業承継アドバイザーズ｜事業承継・M&A・会社売却に関する税務なら、みつき税理士法人

会社分割とは？M&Aで使う仕組み・手続・注意点を解説

目次

1. 会社分割をM&Aで使う前に押さえる基本
2. 4つの会社分割は承継先と対価で決まる
3. 事業を切り出して売却するときに向く場面
4. 会社分割のメリットを経営判断で整理
5. 会社分割のデメリットと実務上のリスク
6. 事業譲渡と迷ったときの選び分け
7. M&Aで会社分割を進める5つの段階
8. 従業員・債権者・許認可で止まりやすい点
9. 適格分割と税務・会計の確認ポイント
10. 分割後のPMIまで見据えて設計する
11. まとめ

▶目次ページ：M&Aの種類・方法（会社分割）

「会社全部を売るつもりはない。ただ、ある事業だけなら第三者に任せたい」。複数の事業を営む中小企業では、このような場面があります。

会社分割は、会社が事業に関して持つ権利義務の全部または一部を、別の会社へ承継させる組織再編です。事業を切り出す会社を分割会社、事業を受け継ぐ会社を承継会社と呼びます。

M&A（合併・買収）では、一部事業の売却、グループ内再編、第三者承継などに利用できます。

会社分割の大きな特徴は「包括承継」です。

分割契約または分割計画で承継対象とした資産、負債、契約上の地位などを、原則としてまとめて承継会社へ移すことができます。事業譲渡のように、資産や契約を一つずつ移転する方法とは仕組みが異なります。

取引先との契約が多い事業では、大きな違いです。

ただし、すべてが無条件で自動的に移るわけではありません。許認可には個別の届出や承認、新規取得などが必要なものがあり、契約内容によっても事前確認が必要です。

株式譲渡では、一般に株主が保有株式を買い手へ譲渡するため、会社そのものの経営権が移ります。

これに対して会社分割では、一定の事業を選んで切り出すことができます。そのため、主力事業は自社に残して非中核事業を第三者へ承継したり、売却したい事業だけを別会社にまとめたりする設計が可能です。

中小企業のM&Aでは、「何を売るか」と同じくらい「何を残すか」が重要になります。

▶関連：M&Aの種類｜売却スキーム毎の特徴をわかりやすく解説、事例も紹介

会社分割は、2つの視点で整理すると分かりやすくなります。

1つ目は、既存会社へ事業を移す「吸収分割」か、新しく設立する会社へ移す「新設分割」かという違いです。

2つ目は、実務・税務上、分割の対価が株主側に帰属する「分割型」か、分割会社側に残る「分社型」かという違いです。

この組合せにより、一般に4つのパターンとして説明されます。

新設分割は、会社分割によって新たに設立する会社へ事業を承継させる方法です。

例えば、製造事業と不動産事業を1社で営んでいる会社が、製造事業だけを新会社へ移すケースがあります。

M&Aでは、売却したい事業を新会社へ切り出してから、その新会社の株式を買い手に譲渡する方法も検討されます。

▶関連：新設分割の仕組みと実務：税務適格要件から手続まで徹底解説

吸収分割は、すでに存在している会社へ事業を承継させる方法です。

例えば、買い手企業が売り手の一部事業を直接引き継ぐ場合や、グループ内に分散している同種事業を1社へ集約する場合などに利用されます。

新会社を設立せず、既存会社に事業を移す点が新設分割との違いです。

分割型分割は、税務上、分割の対価が分割会社の株主側に帰属する形です。旧来は「人的分割」と呼ばれることもありました。

対価として株式を受け取るケースでは、分割前の株主が、分割後の複数の会社に直接関係する形になることがあります。

ただし、実際の適格要件などは株主関係や事業内容によって変わるため、単に「株主が株式を受け取ればよい」と判断することはできません。

分社型分割は、分割会社側に分割対価が帰属する形で、旧来は「物的分割」と呼ばれることもありました。

例えば、新設会社の株式を分割会社が取得すれば、分割会社が新設会社を子会社として保有できます。

事業を別会社化しながら、引き続き自社グループとして管理したい場合などに利用できます。

▶関連：分割型分割と分社型分割の違いを徹底解説！税制適格要件と会計処理のポイント

会社分割は、会社を2つに分けること自体が目的ではありません。

M&Aでは、買い手が取得したい範囲と、経営者が手元に残したい範囲を調整するために利用されます。

会社全部を売却するつもりはないものの、複数ある事業のうち1事業だけなら第三者へ譲りたい。このような場合に会社分割が選択肢となります。

例えば、長年続けてきた本業を残し、新たに成長させてきた別事業を、その事業と相性のよい企業へ承継する方法です。

反対に、第三者へ譲渡したい主力事業を元の会社に残し、経営者が保有し続けたい不動産や別事業を新会社へ切り出す方法もあります。

「会社を売るか、売らないか」だけで考える必要はありません。

経営資源を主力事業へ集中させるため、非中核事業を切り離す場面でも会社分割が利用されます。

収益性が低い事業を分離すれば、残った事業へ人材や資金を集中しやすくなります。

一方、切り離した事業を外部企業へ承継すれば、買い手の販路、技術、人材などを利用して成長できる可能性もあります。

業績不振企業の再生では、採算事業を別会社へ移す、いわゆる第二会社方式の一部として会社分割が利用される場合もあります。ただし、債権者への影響が大きいため、通常の事業売却以上に慎重な設計が必要です。

M&Aで買い手が欲しいのは本業だけなのに、会社には投資用不動産、余剰資金、遊休資産などが含まれていることがあります。

この場合、会社分割によって売却対象とそれ以外を整理してから株式譲渡を行う方法があります。

ただし、資産の移転方法によって税務上の取扱いが変わります。「不要資産を外せば売りやすくなる」という理由だけで進めず、譲渡価格や税金を含めた最終的な手取り額まで確認することが重要です。

会社分割には、事業を選んで動かせること以外にもメリットがあります。

一方で、実際に有利かどうかは、契約数、従業員数、資金負担、株主構成などによって変わります。

事業譲渡では、取引先との契約などについて、相手方の承諾を得ながら個別に移転する必要があります。

会社分割では、分割契約・分割計画で定めた権利義務を原則として包括的に承継できます。

数多くの取引先や契約を抱えている事業では、一件ずつ契約を移す負担を減らしやすい点がメリットです。

ただし、契約の内容や許認可によっては別途対応が必要となります。

会社分割では、承継会社の株式などを対価として利用できる場合があります。

そのため、買い手側が対価をすべて現金で用意する方法に比べ、資金負担を抑えられる可能性があります。

ただし、「現金がなくても簡単に買収できる」という意味ではありません。株価算定や株主構成への影響も確認する必要があります。

会社分割では、労働契約承継法に基づき、一定の労働契約を承継会社へ移す仕組みがあります。

事業譲渡の場合、雇用契約を買い手へ移すには原則として従業員本人の同意が必要です。これに対して会社分割では、対象となる従業員について個別の転籍同意を得ずに労働契約が承継される場合があります。

ただし、従業員への通知や協議が必要であり、従事している事業や分割契約の内容によっては、従業員が異議を申し出られる場合もあります。

「同意が不要だから説明もしなくてよい」という制度ではありません。

会社分割で一部事業を切り離しても、分割会社そのものを残すことができます。

会社名、残った事業、取引関係などを維持しつつ、一部事業だけを第三者へ承継できる点は、株式譲渡にはない特徴です。

会社全体を手放すことに抵抗があるオーナー経営者にとっても、検討しやすい選択肢となります。

包括承継は便利ですが、承継対象の設計を誤った場合の影響も大きくなります。

会社分割を「事業譲渡より簡単な方法」とだけ考えるのは危険です。

会社分割では、分割契約または分割計画の作成、事前開示、従業員への対応、債権者保護手続、株主総会、登記など、多くの手続が関係します。

債権者保護手続が必要な場合には、債権者が異議を述べるための期間を原則として1か月以上設けます。

さらに、第三者とのM&Aでは、基本条件の交渉やデューデリジェンスも必要です。案件の状況によっては、全体で2〜3か月以上を見込むことも珍しくありません。

会社分割では、分割契約・分割計画で承継対象とした事業に関する債務なども承継されます。

そのため、未払残業、税務上の問題、訴訟・クレーム、保証関係など、決算書だけでは分かりにくいリスクが後から判明することがあります。

買い手側はデューデリジェンスを通じて財務、税務、法務、労務を確認することが重要です。

売り手側も、どの資産や負債をどちらの会社に残すのかを事前に整理しておく必要があります。

承継会社が新しく株式を発行し、それを会社分割の対価として交付する場合、既存株主の持株比率が低下することがあります。これを株式の希薄化といいます。

非上場会社では、持株比率が変わることで議決権や経営権にも影響しかねません。

上場会社では、希薄化に対する市場の評価が株価に影響する場合もあります。

現金を使わなくて済むことだけでなく、分割後の株主構成まで確認する必要があります。

帳簿上で会社を分ければ、翌日から現場まで完全に分かれるわけではありません。

会計、販売管理、給与計算、受発注、顧客データなどを共有していた場合、どの会社が何を使うのか決める必要があります。

また、外部企業へ事業を承継すれば、給与制度、評価方法、社内ルールなどの違いも生じます。

法的に会社分割を成立させるだけでは不十分です。実際に事業が動き続ける仕組みまで準備しておくことが重要になります。

会社分割と事業譲渡は、どちらも事業の一部を他社へ移す際に利用できます。

大きな違いは、会社分割が包括承継を基本とするのに対し、事業譲渡は移す資産や契約を個別に決める特定承継であることです。

会社分割では、分割契約・分割計画で承継対象とした権利義務を原則として包括的に移します。

事業譲渡では、売掛金、設備、取引契約などを選び、必要な移転手続を個別に行います。

重要な契約が少ない事業なら事業譲渡でも対応しやすい一方、多数の取引先との契約を抱えている事業では会社分割の方が実務負担を抑えられる場合があります。

「会社分割なら許認可もそのまま移る」と考えるのは危険です。

会社分割による承継が認められているものもあれば、事前の承認や届出、新規取得などが必要な許認可もあります。

許認可がなければ営業できない業種では、会社分割の効力発生日に間に合うかどうかが重要です。

事業譲渡でも会社分割でも、スキームを決める前に対象となる許認可を確認します。

事業譲渡で雇用契約を買い手へ移す場合は、原則として各従業員の同意が必要です。

一方、会社分割では労働契約承継法に基づく仕組みがあり、一定の従業員について労働契約が承継されます。

ただし、会社側には通知や協議などの手続が求められます。従業員によっては異議申出が認められるため、単純に「会社分割なら従業員の同意は一切不要」と考えないことが大切です。

会社分割では、株式などを対価として利用できる場合があります。

事業譲渡では、実務上は金銭を対価とすることが一般的です。

買い手の資金負担を抑えたいのか、売り手が現金を受け取りたいのか、分割後も資本関係を残したいのかによって、適した方法は変わります。

会社分割が税務上の適格要件を満たす場合、移転する資産・負債について、原則として帳簿価額による引継ぎとなり、譲渡損益の課税が繰り延べられます。

一方、非適格分割では、原則として時価による資産移転として譲渡損益が生じます。

事業譲渡でも、一般に譲渡する資産・負債と譲渡対価との差額から譲渡損益が生じます。また、土地や有価証券などを除き、課税資産の譲渡には消費税が関係する場合があります。

税金だけで有利・不利を判断するのではなく、M&A後の最終的な手取りまで比較することが重要です。

会社分割そのものの会社法上の手続と、M&Aとしての交渉は並行して進みます。

効力発生日や株式譲渡日から逆算し、必要な手続を組み合わせていくことが重要です。

最初に決めるのは、「会社分割をすること」ではありません。

一部事業を売却したいのか、不要資産を手元に残したいのか、グループ再編をしたいのか。目的を明確にしたうえでスキームを選びます。

その際、資産、負債、従業員、契約、知的財産、許認可などを洗い出し、どちらの会社へ移すかを整理します。

第三者とのM&Aでは、売り手と買い手が価格や対象範囲などの基本条件を整理した後、買い手がデューデリジェンスを行う流れが一般的です。

基本合意は会社分割そのものに必須の法定手続ではありませんが、譲渡対象や価格、スケジュールなどを早めに確認しておけば、後の変更を減らせます。

デューデリジェンスでは、会社分割後にどのリスクがどちらの会社へ残るのかを重点的に確認します。

吸収分割では吸収分割契約を締結し、新設分割では新設分割計画を作成します。

その内容に基づいて、必要な事前開示、従業員への通知、債権者保護手続などを進めます。

債権者保護手続が必要な場合には、異議を述べる期間を原則1か月以上確保する必要があるため、公告や個別催告の日程を早めに組むことが重要です。

吸収分割では、原則として吸収分割契約で定めた効力発生日に、承継対象となる権利義務が承継会社へ移ります。その後、必要な変更登記などを行います。

一方、新設分割は仕組みが異なります。

新設分割では、新設会社の設立登記によって会社が成立し、その日に分割の効力が生じて権利義務が承継されます。吸収分割のように、先に効力が発生してから新設会社を登記するわけではありません。

新設会社の株式を第三者へ譲渡するM&Aでは、この設立・承継と株式譲渡の時期を合わせてスケジュールを管理します。

会社分割では、書類を作ること以上に、従業員、金融機関、取引先などとの調整が難しくなる場合があります。

中小企業では、こうした関係者との信頼そのものが事業価値になっていることも珍しくありません。

会社分割では、労働契約承継法に基づき、対象となる従業員への通知や協議などが必要になります。

しかし、法定手続だけで従業員の不安がなくなるわけではありません。

「勤務地は変わるのか」「給与は下がらないか」「誰が上司になるのか」。従業員が気にするのは、日々の働き方です。

説明が遅れることで重要な人材が退職すれば、承継する事業の価値そのものが低下することがあります。

借入金をどちらの会社に残すのかは重要な論点です。

分割契約上の債務の承継だけでなく、金融機関との契約、担保、保証関係も確認します。

特に経営者保証がある場合、会社分割をしただけで個人保証が当然に解除されるわけではありません。

金融機関には、会社分割の目的、承継する債務、分割後の返済計画などを早めに説明しておくことが重要です。

許認可の手続が間に合わず、会社分割した日から営業できない。この事態は避けなければなりません。

業種ごとに、会社分割による承継、届出、事前承認、新規取得など取扱いが異なります。

そのため、対象事業に必要な許認可を一覧にし、それぞれの所管官庁へ確認します。

会社分割の契約内容を固めてから調べるのではなく、スキームを決める段階から確認しておくことが安全です。

「適格分割なら税金がかからない」と説明されることがありますが、少し注意が必要です。

適格分割は、一定の要件を満たす会社分割について、資産・負債を原則として帳簿価額で引き継ぎ、資産移転時の譲渡損益の課税を繰り延べる仕組みです。

税金そのものが永久になくなるとは限りません。

適格分割の要件は一種類ではありません。

完全支配関係がある会社間の分割、一定の支配関係がある会社間の分割、共同で事業を行うための分割など、当事者の関係によって確認項目が異なります。

場合によっては、主要な資産・負債の移転、従業員の引継ぎ、事業の継続などが重要になります。

したがって、「従業員の一定割合を引き継げば適格になる」と一つの条件だけで判断することはできません。

適格分割によって資産移転時の課税が繰り延べられても、経済的な利益そのものが消えるわけではありません。

将来その資産を売却した場合などに、課税が生じることがあります。

そのため、「税金を減らすために会社分割する」と先に決めるのではなく、事業上の目的に合うスキームを考え、そのうえで税務上の取扱いを確認する順番が大切です。

M&Aでは、会社分割をした後に一方の会社の株式を第三者へ譲渡する方法があります。

この場合、会社分割時の法人税だけを見ても十分ではありません。

どちらの会社にどの事業・資産を残すかによって企業価値が変わり、その後の株式譲渡価格や株主の税負担にも影響します。

経営者にとって大切なのは、「分割時の税金はいくらか」だけでなく「M&Aが終わった後に手元へいくら残るか」です。

会社分割の会計処理は、当事者間の資本関係や取引の内容によって異なります。

例えば、第三者から事業を取得する場合と、同じ企業グループ内で事業を移す場合では、会計上の取扱いが異なることがあります。

また、税務上の適格・非適格という区分と、会計上の処理区分は別のルールです。

税務と会計を混同せず、会社分割後の決算への影響まで確認しておくことが重要です。

▶関連：会社分割の仕訳と会計処理を徹底解説！適格・非適格の違いも

会社分割の登記が終わっても、M&Aは終わりではありません。

外部企業への事業承継を伴う場合には、PMI（M&A後の統合プロセス）まで含めて準備しておく必要があります。

問題になりやすいのが、会計、給与、販売管理、受発注などのシステムです。

分割前は1社で共有していたデータを、どちらの会社が保有するのか。承継会社のシステムに切り替えるのか、一定期間は旧システムを使うのか。

こうした点を事前に決めておかなければ、法的には事業が移っていても、現場の業務が止まりかねません。

顧客への請求書、振込口座、仕入先への発注名義など、細かな項目も確認が必要です。

会社分割によって外部企業へ従業員が承継されると、給与制度、評価制度、福利厚生、社内ルールなどに違いが生じることがあります。

経営者との距離感や意思決定の方法が大きく変わるケースもあります。

従業員が不安を抱えれば、重要人材の退職や業務品質の低下につながることも。

会社分割を実行する前から、誰が従業員へ説明し、承継後に誰がフォローするのかを決めておくことが重要です。

会社分割を目的にすると、法定手続を予定通り終えることがゴールになりがちです。

しかし、M&Aで本当に重要なのは、承継後も事業が安定して利益を生み続けることです。

取引先への説明、従業員の処遇、システム移行、買い手との役割分担まで設計して、初めて会社分割のメリットを生かせます。

スキームの形だけでなく、分割後に事業が動くか。この視点が欠かせません。

会社分割は、一部事業を切り出して承継・売却したい場合に有力な方法です。一方、包括承継だからこそ、従業員、契約、許認可、債務、税務まで一体で確認する必要があります。事業譲渡との違いを比較し、譲渡後に何を残したいかを整理したうえで、分割後の事業運営まで見据えてスキームを決めることが重要です。