合同会社売却の方法と注意点｜M&A・事業譲渡の実務解説

合同会社売却の進め方と税金・M&A手法別の注意点

合同会社売却は可能ですが、持分譲渡の全員同意、株式会社への組織変更、事業譲渡の契約承継、税金で判断が止まりやすい取引です。M&A手法別の進め方、価格・手取りへの影響、従業員・取引先対応を解説します。

目次

1. 合同会社売却で最初に確認すべきこと
2. 買い手が慎重になる合同会社特有の壁
3. 合同会社を売却する4つのM&A手法
4. 事業譲渡を選ぶ場合の実務ポイント
5. 丸ごと売却を目指す場合の注意点
6. 売却価格と手取りを左右する税金
7. 相談前に整理したい資料と判断事項
8. まとめ

▶目次ページ：第三者承継とは（小規模会社のM&A）

合同会社でも、M&A（合併・買収）による売却は可能です。ただし、株式会社の株式譲渡と同じ感覚で進めると、社員の同意、定款の定め、買い手の理解、税金で手続が止まることがあります。

ここでいう社員とは、従業員ではなく出資者のことです。合同会社では出資者である社員が会社の所有者であり、原則として経営にも関わります。そのため、会社を売るというよりも、誰の権利をどの範囲で移し、どの事業を買い手に承継させるかを整理する取引になります。

合同会社は株式を発行しないため、「会社売却はできないのでは」と誤解されることがあります。結論からいえば、合同会社でも第三者への承継はできます。選択肢は、事業譲渡、持分譲渡、株式会社への組織変更後の株式譲渡、吸収合併などです。

大切なのは、最初から1つの手法に決め打ちしないことです。社員が1人だけの合同会社と、複数の社員がいる合同会社では、合意形成の難しさが大きく異なります。買い手が欲しいものも、会社全体なのか、特定の事業・顧客・人材・許認可に近い経営資源なのかで変わります。

合同会社の売却では、定款の確認が最初の分岐点です。定款とは、会社の基本ルールを定めた書類です。持分譲渡、業務執行、代表社員、利益配分、退社時の取扱いなどが記載されています。

特に確認したいのは、持分譲渡に関する別段の定めです。会社法上、社員は原則として他の社員全員の承諾がなければ持分を他人に譲渡できません。ただし、定款に別の定めを置ける余地があります。ここを見ないまま買い手探しを始めると、条件交渉が進んだ後で「同意が取れない」と判明することがあります。意外と多い落とし穴です。

株式会社では、株式数や議決権割合が重要な判断軸になります。一方、合同会社では、出資額が多い社員だけで一方的に売却を決められるとは限りません。定款に別段の定めがなければ、業務執行の決定は社員の人数を基準に考える場面が多く、出資比率と支配権が単純に一致しないためです。

たとえば、代表社員が90％を出資していても、他の社員の承諾が必要な手続では、少数出資の社員が反対すれば持分譲渡が進みにくくなります。売却を考え始めた段階で、出資比率だけでなく、社員ごとの権限と定款上の同意要件を整理する必要があります。

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合同会社の売却で難しいのは、売却が法律上できるかどうかだけではありません。買い手が「買った後に本当に支配できるのか」「契約や従業員を引き継げるのか」「追加の手続がどれほど必要か」を気にするため、株式会社より慎重に調査されやすいのです。

持分譲渡は、合同会社の出資者の権利を買い手に譲渡する方法です。会社全体を引き継げる可能性があるため、資産や契約を個別に移す手間は比較的少なくなります。

一方で、複数の社員がいる場合は合意形成が最大の課題です。原則として他の社員全員の承諾が必要になるため、1人でも反対すれば、会社全体を丸ごと売る形は進みにくくなります。家族、共同創業者、名義だけ残っている社員などがいる場合、早い段階で意思確認を行うべきです。

買い手は、買収後に安定して経営できるかを重視します。合同会社では、株式会社のように株式を取得して議決権を支配する形とは異なるため、定款、社員構成、代表社員の権限、利益配分のルールまで確認されます。

買い手から見れば、出資額が多くても単独で重要事項を決められない会社は扱いにくく見えます。特に、経営者以外の社員が残る場合は、買収後の意思決定に影響しないか、退社や持分譲渡をどのように行うかが論点になります。

合同会社は中小企業や専門サービス業では一般的になりましたが、買い手によっては株式会社のほうが分かりやすいと感じます。合同会社は株式を発行せず、上場もできません。そのため、買い手企業の社内決裁や金融機関説明で、株式会社より追加説明が必要になることがあります。

これは合同会社の価値が低いという意味ではありません。売却準備では、会社形態の説明に時間を使うより、収益力、顧客基盤、契約の安定性、従業員の定着状況を資料で示すことが重要です。

合同会社の売却では、自社の状況と買い手の希望に合わせて手法を選びます。社員数が少なく、全員の合意が得られるなら持分譲渡や組織変更も検討できます。一方、合意形成や買い手の不安を考えると、事業譲渡が現実的な選択肢になることも多いです。

事業譲渡は、会社の全部または一部の事業を買い手に譲渡する方法です。合同会社そのものを売るのではなく、店舗、設備、取引先契約、人材、営業権、ノウハウなどを選んで移します。

事業譲渡は、社員全員の持分をまとめて動かすことが難しい場合や、買い手が特定の事業だけを欲しい場合に向いています。定款に別段の定めがなければ、業務執行の決定として社員の過半数で進める整理が一般的ですが、譲渡範囲や定款の内容によって慎重な確認が必要です。

メリットは、簿外債務や不要な契約を買い手が引き継がずに済む点です。買い手にとってリスクを限定しやすいため、合同会社の買収に不慣れな企業でも検討しやすくなります。

事業譲渡では、資産、負債、取引先契約、賃貸借契約、許認可、従業員との雇用契約を個別に移す必要があります。取引先が契約移転に同意しなければ、売上の前提が崩れることもあります。

従業員を買い手に移す場合も、当然に転籍するわけではありません。本人の同意、労働条件の説明、退職・再雇用の設計などが必要です。ここを軽く見ると、成約直前で主要人材が離職し、価格交渉がやり直しになることがあります。

持分譲渡は、社員の持分を買い手へ譲渡し、会社の経営権を移す方法です。会社の法人格はそのまま残るため、取引先契約や許認可が会社に紐づいている場合、事業譲渡より手続が少なく済む可能性があります。

ただし、複数社員の合同会社では、社員全員の合意が大きなハードルです。買い手側も、持分取得後にどのように代表社員となり、既存社員をどう扱うかを確認します。持分譲渡を使うなら、定款変更、代表社員変更、業務執行社員変更、登記を一体で準備します。

合同会社を株式会社へ組織変更し、その後に株式譲渡で売却する方法もあります。買い手にとっては株式譲渡の形になるため、社内決裁や買収後の支配関係を説明しやすくなる場合があります。

一方、組織変更には全社員の同意、組織変更計画の作成、官報公告、債権者への催告、登記などが必要です。債権者が異議を述べる期間は1か月を下回れないため、短期間で成約したい案件には向きません。将来的な売却を見据えているなら、売却直前ではなく、数か月から1年以上前に検討するほうが安全です。

吸収合併は、買い手企業を存続会社、自社を消滅会社として、権利義務を包括的に承継させる方法です。グループ内再編や、同じ事業を営む会社同士の統合では選択肢になります。

ただし、合同会社を消滅会社とする合併では、社員の同意や債権者保護手続などが必要となり、買い手にも合同会社の法務への理解が求められます。中小企業の第三者承継では、実務上は事業譲渡や組織変更後の株式譲渡のほうが検討しやすい場面が多いです。

吸収合併は、買い手企業を存続会社、自社を消滅会社として、権利義務を包括的に承継させる方法です。グループ内再編や、同じ事業を営む会社同士の統合では選択肢になります。

ただし、合同会社を消滅会社とする合併では、社員の同意や債権者保護手続などが必要となり、買い手にも合同会社の法務への理解が求められます。中小企業の第三者承継では、実務上は事業譲渡や組織変更後の株式譲渡のほうが検討しやすい場面が多いです。

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合同会社の売却では、事業譲渡が候補になりやすい一方で、実務は単純ではありません。売りたい事業の価値を説明し、買い手が引き継ぎたい資産と契約を特定し、クロージングまでに移転条件を整える必要があります。

事業譲渡では、取引先や従業員の協力が欠かせません。ただし、早く伝えすぎると不安が広がり、遅すぎると同意取得が間に合いません。説明の順序が重要です。

一般には、基本合意後または最終契約の見通しが立った段階で、主要取引先、金融機関、幹部社員から順に説明することが多いです。全員に同じタイミングで話す必要はありません。誰に、いつ、何を伝えるかを事前に決めておくと、情報漏れや誤解を防げます。

合同会社でも、借入に経営者保証が付いていることがあります。事業譲渡で借入を買い手が承継しない場合、譲渡代金で返済するのか、残った会社で返済するのか、金融機関と調整が必要です。

個人保証が外れないまま引退することは、経営者にとって大きな不安です。売却価格だけでなく、借入返済後の手取り額、保証解除の見通し、担保の扱いまで確認しましょう。

合同会社の売却期間は、手法や社員数、資料の整い方で変わります。小規模な事業譲渡でも3か月程度、買い手探しやデューデリジェンスが長引く場合は半年以上かかることがあります。デューデリジェンスとは、買い手が財務・法務・労務・税務などを調査することです。

売却方針の整理、定款と社員構成の確認、決算書・契約書の準備、企業価値算定、買い手候補への打診、トップ面談、基本条件の交渉、デューデリジェンス、最終契約、クロージングの順に進みます。

短く見えますが、資料不足があると戻ります。決算書の数字と実態が合わない、雇用契約書がない、主要取引先との契約書が未整備といった事情があると、買い手の不安が増え、価格や条件に反映されます。

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事業譲渡ではなく、会社全体を丸ごと売りたい場合は、持分譲渡または株式会社への組織変更後の株式譲渡が中心になります。買い手が会社の歴史、契約、許認可、従業員組織をそのまま引き継ぎたい場合には有効です。

複数社員がいる合同会社では、売却検討を経営者だけで進めても、最終的に合意が取れないことがあります。特に、共同創業者、親族、過去に出資した知人が社員として残っている場合は注意が必要です。

社員が反対する理由は、売却価格への不満だけではありません。会社名が変わることへの抵抗、従業員の処遇への不安、買い手への不信感、税金への誤解などもあります。

そのため、売却方針を共有するときは、価格だけでなく、なぜ売却するのか、従業員や取引先をどう守るのか、社員ごとの手取りはどうなるのかを説明します。ここを後回しにすると、条件交渉より社内調整に時間を取られます。

株式会社へ組織変更すると、買い手は株式譲渡として検討しやすくなります。買収後の支配権も説明しやすく、将来の資本政策にもつなげやすいです。

しかし、組織変更は売却直前に慌てて行う手続ではありません。全社員の同意が必要で、債権者保護手続や登記も発生します。買い手候補が決まってから始めると、スケジュールが合わず、相手の検討熱が下がることがあります。

すぐに売らない場合でも、将来の売却を想定して定款を整えることは有効です。持分譲渡の承諾要件、代表社員の権限、退社時の持分払戻し、相続発生時の扱いなどを整理しておくと、買い手に説明しやすくなります。

1人社員の合同会社でも油断しない

社員が1人だけの合同会社は、合意形成の面では進めやすいです。ただし、経営者個人に契約、ノウハウ、顧客関係が集中している場合、買い手は「経営者が抜けた後も売上が残るか」を厳しく見ます。引継期間、顧客紹介、業務マニュアル、幹部社員の育成が価格に影響します。

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合同会社の売却では、手法によって税金を負担する人が変わります。売却価格だけを見て判断すると、税引後の手取りが想定より少なくなることがあります。ここは税理士と早めに試算すべき論点です。

個人の社員が合同会社の持分を譲渡した場合、一般に株式等の譲渡と同じように申告分離課税の対象になります。税率は、所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％を合わせて20.315％です。

たとえば、代表社員が自分の持分を買い手に譲渡する場合、譲渡対価から取得費や譲渡費用を差し引いた利益に課税されます。取得費が分からない場合や過去の出資・増資履歴が複雑な場合は、早めに資料を探す必要があります。

事業譲渡では、譲渡代金は社員個人ではなく合同会社に入ります。譲渡資産の帳簿価額を超える部分は、会社の利益として法人税等の対象になります。実効税率は会社の所得水準や所在地などで変わりますが、概ね30％前後を見込んで試算することが多いです。

さらに、棚卸資産、設備、営業権などの課税資産を譲渡する場合は、消費税の対象になります。土地など非課税となる資産もあるため、譲渡対価を資産ごとに分けておくことが重要です。

事業譲渡では、会社に入った譲渡代金を経営者個人がそのまま自由に使えるわけではありません。役員報酬、退職金、配当、持分払戻しなどの形で個人に移すと、その段階で所得税などがかかる場合があります。

つまり、事業譲渡は「会社で課税され、個人で受け取るときにも課税される」構造になりやすいのです。持分譲渡のほうが必ず有利とは限りませんが、税引後の手取り比較は必須です。

持分譲渡のほうが税率面で有利に見えることがあります。しかし、社員全員の承諾が取れない、買い手が合同会社の持分取得を嫌がる、簿外債務を引き継ぎたくないといった事情があれば、事業譲渡のほうが成約しやすい場合もあります。

M&Aでは、税金、価格、成約可能性、従業員の雇用、取引先の継続、個人保証の解除をまとめて見ます。税率だけで最適解を決めると、成約そのものを逃すことがあります。

合同会社の売却は、買い手を探す前の整理で結果が変わります。特に、合同会社は定款と社員構成が重要です。資料が整っている会社ほど、買い手の不安が減り、価格交渉も進めやすくなります。

最初に用意する資料は、定款、履歴事項全部証明書、社員名簿に相当する資料、出資履歴、代表社員・業務執行社員の確認資料です。合同会社では株主名簿のような感覚で整理されていないこともあるため、誰がどの権利を持っているかを明確にします。

社員が亡くなった場合の持分の扱い、退社時の払戻し、相続人の加入可否などは、売却前に確認すべきです。後継者不在の合同会社では、この論点が事業承継そのものに直結します。

買い手は決算書を見ますが、決算書だけで会社の価値を判断するわけではありません。役員報酬、家族への支払、経営者個人の経費、役員借入金、未払残業代、簿外債務、在庫評価などを確認します。

中小企業では、節税を優先して利益を抑えていることもあります。その場合は、実態利益を説明できる資料が必要です。月次試算表、部門別売上、主要顧客別売上、粗利率、契約更新率などがあると、買い手が価格を判断しやすくなります。

買い手が嫌がるリスクは、決算書の数字だけではありません。雇用契約書がない、残業管理が不十分、社会保険加入に漏れがある、主要取引先との契約書がない、許認可が代表者個人に紐づいているといった点は、価格減額や条件変更につながります。

売却前にすべてを完璧にする必要はありません。ただし、リスクを隠すのではなく、何があり、どう対応するかを説明できる状態にしておくことが大切です。買い手は、問題そのものよりも、問題が見えていない会社を不安視します。

相談前には、売却したい理由、希望時期、社員数、反対しそうな社員の有無、売却したい範囲、残したい事業、従業員の人数、主要取引先、借入金、個人保証、希望する引継期間を整理します。

価格の希望も必要ですが、最初から強い金額に固執しすぎると、買い手候補を狭めることがあります。価格、従業員の雇用、取引先との関係、引退時期のうち、何を優先するのかを決めておくと、専門家との打合せが進みやすくなります。

合同会社の売却では、M&Aの相手探しだけでなく、会社法、税務、会計、労務、契約承継を横断して見る必要があります。支援者を選ぶときは、合同会社の持分譲渡や事業譲渡、組織変更を理解しているかを確認しましょう。

税金だけを税理士に、契約だけを弁護士に、買い手探しだけをM&A支援者に別々に相談すると、全体最適にならないことがあります。たとえば、税務上は有利でも、買い手が受け入れない手法では成約しません。反対に、成約しやすくても、手取りが大きく減るスキームでは経営者の目的を達成できません。

合同会社売却では、手法、価格、税金、同意形成、従業員対応を一体で検討することが、失敗を避ける近道です。

合同会社売却は可能ですが、株式会社よりも社員の同意、定款、買い手の理解、税金の確認が重要です。事業譲渡、持分譲渡、組織変更後の株式譲渡、吸収合併の中から、自社の社員構成と承継したい範囲に合う方法を選び、早めに資料整理と手取り試算を行いましょう。