非上場株式取得の目的別活用法と評価税務の徹底ガイド

非上場株式の取得方法｜手続・株価評価・税務の注意点を解説

非上場株式を取得する3つの方法と、既存株主から買い取る際の譲渡承認・名義書換、第三者割当増資、相続・贈与の違いを解説します。株価評価や低額譲渡の税務、M&A（合併・買収）や事業承継で確認したい議決権、簿外債務、個人保証も分かります。

目次

1. 非上場株式の取得前に決める目的と議決権
2. 既存株主から取得するときの4つの手続
3. 第三者割当増資で株主になる場合の判断軸
4. 相続・贈与で取得する場合の注意点
5. 取得価格を決める株価評価と税務上の時価
6. M&A・事業承継で取得前に調べる事項
7. まとめ

▶目次ページ：企業買収（買収とは）

「株式を取得すれば、その会社を自由に動かせる」と思われがちです。しかし、少数株式への出資と経営権の取得では、必要な資金も調査範囲も大きく異なります。ここが出発点です。

非上場株式とは、証券取引所で売買されていない株式です。市場で日々の価格が付かず、買い手も自由に見つけにくいため、当事者間で取得条件を決めます。

また、中小企業の株式には、会社の承認がなければ譲渡できない「譲渡制限」が付いていることが一般的です。取得価格だけでなく、定款、株主構成、議決権、会社の承認手続まで確認する必要があります。

経営者や親族など、現在の株主から株式を買い取る方法です。代金は、株式を手放す株主に支払われます。

M&A（合併・買収）で会社の経営権を取得する場合は、既存株主が持つ株式を買い取る株式譲渡がよく使われます。

会社が新株を発行し、特定の相手に引き受けてもらう方法です。払込金は既存株主ではなく会社に入るため、成長資金の確保や財務基盤の強化に向いています。

一方、新株が増えると既存株主の持株比率が下がります。誰が経営権を持つのか、増資後の議決権割合を事前に計算しておくことが重要です。

経営者の死亡による相続や、生前の贈与によって、親族などが株式を引き継ぐ方法です。代金を支払わずに取得した場合でも、相続税や贈与税が発生することがあります。

取得の目的が業務提携であれば、少数株式への出資でも足りることがあります。これに対し、子会社化や経営者の選任、合併などを進めたい場合は、株主総会でどこまで意思決定できるかが重要です。

同じ株数でも、株式の種類によって議決権の内容が異なる場合があります。取得前に、普通株式か種類株式か、議決権の制限がないか、株主間契約が存在しないかを確認しましょう。

▶関連：企業買収｜目的、メリット・デメリット、方法、成功ポイントを解説

売り手と買い手が売買に合意しても、それだけで会社に対して株主の権利を主張できるとは限りません。譲渡制限株式では、会社の承認と株主名簿の書換まで進める必要があります。

取得する株式数、1株当たりの価格、支払日、株式の移転日などを決めます。経営権を取得する場合は、表明保証や損害補償についても株式譲渡契約書に定めます。

表明保証とは、売り手が対象会社の財務、税務、法務などに関する重要事項を正しいと約束する条項です。取得後に説明されていなかった債務が見つかった場合などに、買い手を守る役割があります。

価格交渉の前には、株主名簿、定款、登記事項証明書、過去の株式移動を確認します。売り手が実際の株主であるか、第三者の権利が付いていないかを調べるためです。

譲渡制限株式では、株主または株式の取得者が会社に対して譲渡承認を請求できます。

請求書には、対象となる株式の種類と数、取得者の氏名または名称などを記載します。会社が承認しなかった場合に、会社または指定された買取人による買取りを求めるかどうかも検討します。

承認する機関は、原則として、取締役会を設置している会社では取締役会、それ以外の会社では株主総会です。ただし、定款に別の定めがある場合は、その内容に従います。

承認後は、取締役会議事録または株主総会議事録を作成し、会社から請求者へ結果を通知します。後日の争いを避けるためにも、口頭だけで済ませず、書類を残すことが大切です。

契約で定めた日に代金を支払い、株式を移転します。その後、原則として譲渡人と譲受人が共同で、会社へ株主名簿の名義書換を請求します。

株主名簿が書き換えられていないと、会社から正式な株主として扱われないおそれがあります。株主名簿の写しや株主名簿記載事項証明書を受け取り、名義書換が完了したことを確認しましょう。

設立から年数がたっている会社では、定款上、株券発行会社のままになっていることがあります。

株券発行会社の株式を譲渡する場合は、原則として株券の交付が必要です。株券が実際に発行されているか、紛失していないか、売り手が保有しているかを早い段階で確認します。意外と多い落とし穴です。

▶関連：M&A・事業投資の真髄：メリット・デメリットと成功への道筋

会社に資金を入れたいのか、経営者が保有株式を現金化したいのか。ここを取り違えると、選んだ方法が目的に合いません。

第三者割当増資では、投資家が払い込んだ資金は会社に入ります。既存株主が保有株式を売却する取引ではないため、経営者の会社売却代金にはなりません。

会社は、発行する株式数、払込金額、払込期日などの募集事項を決めます。多くの中小企業に当たる非公開会社では、原則として株主総会の特別決議が必要です。

一定の条件を満たせば、募集事項の決定を取締役または取締役会へ委任できる場合もあります。実際に必要な決議は、会社の機関設計や定款によって異なるため、事前に確認します。

新株の払込金額が、引受人に特に有利な金額である場合は、その金額で発行する必要性を株主に説明しなければならないことがあります。

新株が発行されると、既存株主の株数が変わらなくても持株比率は低下します。これを希薄化といいます。

たとえば、経営者が発行済株式の100％を保有していても、第三者への新株発行後は100％ではなくなります。経営者が過半数を維持したいのか、将来は投資家や買い手企業へ経営権を渡すのかによって、発行株数の設計は変わります。

株価を不自然に低く設定すると、既存株主から新株主へ価値が移ったとして、会社法や税務上の問題が生じる場合があります。株価算定の根拠と発行理由を資料に残しておくことが重要です。

第三者割当増資は、資本業務提携や成長投資の受入れに向いています。買い手企業の資金や販路を取り込みながら、現在の経営者が一定の経営権を維持する設計も可能です。

一方、後継者問題の解決や経営者の資金化が主な目的であれば、既存株式の譲渡も検討する必要があります。第三者割当増資と株式譲渡を組み合わせる方法もあります。

▶関連：M&Aか起業か徹底比較で叶える未来の賢い経営者入門

相続と贈与は、どちらも親族間で行われることが多い株式移転ですが、会社法上の扱いは異なります。

相続は契約による譲渡ではなく、亡くなった人の権利や義務を引き継ぐ一般承継です。そのため、譲渡制限株式であっても、相続による取得自体について会社の承認は通常必要ありません。

定款に定めがある会社は、相続などによって譲渡制限株式を取得した人に対し、その株式を会社へ売り渡すよう請求できる場合があります。

相続人が株式を取得したからといって、必ず長期間保有できるとは限りません。定款、株主構成、後継者の経営参加方針を確認しておきましょう。

生前贈与は契約による株式移転です。譲渡制限株式であれば、原則として会社の承認手続が必要になります。

また、贈与時点の税務上の評価額を基に贈与税を計算します。現金を受け取っていないのに税金が発生することもあるため、納税資金の準備が欠かせません。

相続人ごとに株式を分けると、経営に関与しない親族も株主となり、重要な意思決定や将来の会社売却に時間がかかることがあります。こうしたケースは珍しくありません。

後継者へ議決権を集める方法、他の相続人へ渡す財産、将来の第三者承継まで一体で考える必要があります。目の前の相続税だけでなく、その後の経営も見据えることが大切です。

非上場株式には市場価格がありません。ただし、評価額が常に1つに決まるわけではありません。

M&Aで当事者が交渉する価格と、相続税や贈与税を計算するための評価額では、目的も計算方法も異なります。

第三者間のM&Aでは、将来の利益やキャッシュフロー、保有資産、借入金、業界の取引相場などを基に価格を検討します。

代表的な評価方法には、資産と負債を時価に直して評価する時価純資産法、将来のキャッシュフローを現在価値に直すDCF法、類似会社の利益倍率などを使うマルチプル法があります。

実務では、1つの方法だけで価格を決めず、複数の評価結果を比較するのが一般的です。経営者の退任時期、役員退職金、個人保証の解除、取得後に必要な設備投資なども最終条件に影響します。

相続税や贈与税では、国税庁の財産評価基本通達に沿って、取引相場のない株式を評価します。

主な方法は、類似業種の上場会社と配当・利益・純資産を比較する類似業種比準方式、会社の資産と負債を評価し直す純資産価額方式、少数株主などに用いられる配当還元方式です。

どの方式を使うかは、会社の規模だけで決まりません。株主が同族株主に当たるか、会社が特定の評価会社に該当するかなどによっても変わります。

決算書だけを見て概算した金額を、そのまま売買価格や贈与額に使うのは避けましょう。

個人から個人へ著しく低い価格で株式を譲渡すると、時価と支払額の差額を贈与によって取得したものとみなされ、買い手に贈与税が課される可能性があります。親族間だから自由な価格でよい、とはなりません。

個人から法人へ時価より大幅に低い価格で譲渡した場合や、法人から個人へ低額で譲渡した場合にも、時価を基に所得税や法人税などが調整されることがあります。

相手が役員、従業員、株主、親族のどれに当たるかによっても税務上の扱いが変わるため、契約前に確認することが重要です。

株価算定書、直近の決算書、事業計画、類似取引、価格交渉の記録を保存します。税務上の評価額と実際の取引価格が異なる場合は、その理由を説明できるようにしておきます。

価格差があることだけで直ちに問題になるとは限りません。合理的な理由や算定根拠を説明できないことが、税務上のリスクにつながりやすくなります。

法人が非上場株式を購入するときは、購入代価に加え、購入のために直接要した費用を取得価額に含めるのが税務上の基本です。

一方、通信費や名義書換料については、取得価額に含めず費用処理できる取扱いがあります。

M&Aに関する調査費用や専門家報酬は、契約内容、支出の目的、株式取得を決定した時期などによって取扱いの判断が分かれる場合があります。請求書の合計額だけで一括処理せず、業務内容ごとに整理しましょう。

株価と契約だけを整えても、取得後に期待どおりの利益が出るとは限りません。M&A実務では、買収後に設備の故障、未払残業代、許認可の問題などが見つかり、判断が止まることがあります。

株主名簿と実際の株主が一致しているか、名義株や所在不明株主がいないか、過去の譲渡承認が適切に行われているかを確認します。

名義株とは、株主名簿上の名義人と実際に出資した人が異なる株式です。名義株があると、誰が株式を売却できるのかを巡って問題になることがあります。

種類株式、株主間契約、新株予約権がある場合は、取得後の議決権割合も再計算します。

株式譲渡では、会社が保有する資産だけでなく、負債や契約関係も原則としてそのまま残ります。

簿外債務、税務申告、未払残業代、訴訟、環境問題、主要顧客への依存、許認可、賃貸借契約などをデューデリジェンスで確認します。

デューデリジェンスとは、買収前に対象会社の財務、税務、法務、労務などを調査する手続です。問題を見つけるだけでなく、価格や契約条件へ反映するために行います。

▶関連：M&A大型買収で企業成長を加速する最新戦略と成功事例まとめ

事業承継型M&Aでは、旧経営者の借入金に対する個人保証が残ると、会社を譲渡しても負担が終わりません。

金融機関と早めに協議し、個人保証を解除できるか、買い手側へ切り替えられるかを確認します。解除を前提とする場合は、株式譲渡契約にも条件を定めます。

役員退職金、引継期間、経営者が一定期間会社に残るかどうか、会社名や屋号を引き続き使用するかについても明確にしておきます。

買い手企業は、取得後の経営体制、従業員への説明、資金繰り、会計方針などを事前に設計します。

PMI（M&A後の統合プロセス）を後回しにすると、従業員が不安を感じたり、期待した相乗効果が出なかったりすることがあります。

少数株式を取得する場合は、将来その株式を誰に売却できるのか、配当を受けられるのか、追加出資を求められたときにどう対応するのかも確認します。

譲渡承認は法務、株価は財務、低額譲渡は税務と、それぞれ別の問題に見えます。しかし、実際に締結する契約は1つです。

取得目的、価格、承認手続、契約条件、取得後の経営までを一つの工程として確認することが、手戻りの防止につながります。公認会計士、税理士、弁護士など、必要な専門家が連携できる体制を整えましょう。

▶関連：M&A人材の確保と育成や専門家活用で企業価値向上と持続的成長

非上場株式の取得では、既存株主からの譲渡、第三者割当増資、相続・贈与のどれを選ぶかによって、資金の行き先、承認手続、税負担が変わります。取得前に議決権、定款、株主名簿、株価の根拠を確認し、低額譲渡や簿外債務を見落とさないことが重要です。M&Aや事業承継では、取得後の経営体制まで含めて専門家と検討すると、条件交渉と手続を進めやすくなります。