譲渡や買収する前に知るM&Aでかかる税金のポイントを解説

M&Aの税金を比較｜会社売却の手取りと計算方法

M&Aの税金は、株式譲渡か事業譲渡か、売主が個人か法人かで大きく変わります。会社売却で手元にいくら残るのか、税金の早見表と3億円の設例で比較し、2027年からの高額所得者課税、役員退職金、消費税、みなし配当などの注意点も解説します。

目次

1. M&Aの税金と手取りは「売り方」と「売り手」で決まる
2. M&Aでかかる税金の早見表
3. 個人株主の株式譲渡では譲渡所得に課税される
4. 法人株主が株式を売る場合は他の損益と合算する
5. 事業譲渡では会社とオーナーの手取りを分けて考える
6. 役員退職金を組み合わせる場合は株価と税金を一緒に試算する
7. 自己株式取得ではみなし配当に注意する
8. 組織再編では税制適格か非適格かを確認する
9. 2027年分から高額所得者への追加課税が強化される
10. 2027年から防衛特別所得税が始まるが通常の株式譲渡の合計税率は変わらない
11. 買い手は中小企業事業再編投資損失準備金も確認する
12. M&Aの税金で見落としやすいポイント
13. 税務デューデリジェンスでは過去の税務処理も確認される
14. 納税時期まで考えて売却代金を管理する
15. 売却前に3つの金額を試算する
16. 税理士へ相談する前に用意したい資料
17. まとめ

▶目次ページ：M&Aの種類・方法（M&Aスキームの概要）

M&A（合併・買収）で会社を売却するとき、最終的な手取りは売却価格だけでは決まりません。同じ3億円のM&Aでも、個人オーナーが自社株を売るのか、会社が事業を売るのかによって、税金を負担する人も計算方法も変わります。

会社売却を考えるオーナーにとって重要なのは、「いくらで売れるか」だけでなく、「税金や費用を差し引いた後に、自分の手元へいくら残るか」です。

この記事では、株式譲渡と事業譲渡を中心に、M&Aでかかる税金と手取りの考え方を整理します。2027年分から影響する税制改正など、売却時期によって確認が必要な制度もあわせて解説します。

M&Aの税金を考えるときは、最初に「何を売るのか」と「誰が売るのか」を確認します。

個人オーナーが保有する自社株を買い手へ譲渡する株式譲渡では、売主は個人株主です。売却代金も原則として個人株主が受け取ります。

一方、事業譲渡では、会社が保有する事業や資産を買い手へ譲渡します。売主は会社であり、売却代金も会社に入ります。オーナー個人が直接受け取るわけではありません。

この違いがあるため、会社売却の手取りは次の3段階に分けて考えると整理しやすくなります。

1．買い手が支払う譲渡価格はいくらか

2．売主にどの税金がかかるか

3．最終的にオーナー個人へいくら残るか

事業譲渡では、会社に残った資金を個人へ移すときにも、役員退職金、配当、清算などの方法によって税金が変わります。単純に税率だけを比較して売却方法を決めないことが重要です。

代表的なM&A手法の課税関係を整理すると、次のようになります。

同じM&Aでも、個人株主による株式譲渡と法人による事業譲渡では課税の仕組みが異なります。

▶関連：株式譲渡と事業譲渡と会社分割を比較し最適な手法を選ぶ

中小企業の会社売却では、個人オーナーが保有する非上場株式を買い手へ譲渡する方法がよく検討されます。

個人が株式を売却した場合、税金は売却価格の全額ではなく、原則として譲渡所得に対してかかります。

譲渡所得 ＝ 株式の売却価格 － 株式の取得費 － 売却手数料などの譲渡費用

非上場株式は一般株式等に該当し、その譲渡所得等には原則として所得税15％がかかります。2026年分までは復興特別所得税を含めると国税部分は15.315％で、これに地方税5％を合わせると20.315％です。

国税庁は、一般株式等に係る所得について15.315％と地方税5％による申告分離課税の取扱いを示しています。

なお、2027年分以後は、防衛特別所得税が基準所得税額の1％で新設される一方、復興特別所得税の税率は2.1％から1.1％に下がります。両者を合わせた付加税率は変わらないため、所得税15％を基礎とする通常の株式譲渡における合計負担率は、地方税5％を含め引き続き20.315％が基本となります。

出典：国税庁「No.1477 相続により取得した非上場株式をその発行会社に譲渡した場合の課税の特例」

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1477.htm

基準日：令和8年4月1日現在法令等

出典：財務省「令和8年度税制改正の大綱」

https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/08taikou_06.htm

公表：2025年12月26日閣議決定

税金の考え方を分かりやすくするため、次の仮定で計算します。

・株式の売却価格：3億円

・株式の取得費：1,000万円

・仲介手数料などの譲渡費用：1,000万円

・個人オーナーが保有する非上場株式を第三者へ譲渡

・高額所得者への追加課税などはこの計算には含めない

譲渡所得は次のようになります。

3億円－1,000万円－1,000万円＝2億8,000万円

この2億8,000万円に20.315％を掛けると、税額は概算で5,688万2,000円です。

売却価格3億円から譲渡費用1,000万円と税額約5,688万円を差し引くと、手元に残る金額は概算で約2億3,312万円となります。

これは税金の仕組みを理解するための仮定の計算です。実際の税額は株式の取得経緯、その年の所得、高額所得者への追加課税などによって変わります。

会社を長く経営していると、創業時の出資額や過去の株式取得に関する資料が見つからない場合があります。

国税庁は、株式等について、相続した株式や古い時期に購入した株式などで取得費が分からない場合、同一銘柄ごとに売却代金の5％相当額を取得費とすることを認めています。

たとえば3億円で株式を売却し、取得費が確認できなければ、5％に相当する1,500万円を取得費として計算できる場合があります。

ただし、本来の取得費が1,500万円より高ければ、実際の取得費を確認できた方が譲渡所得を小さくできる可能性があります。

株主名簿、設立時の資料、株式譲渡契約書、贈与契約書、相続税申告書などを早めに探すことが重要です。

出典：国税庁「No.1464 譲渡した株式等の取得費」

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1464.htm

基準日：令和8年4月1日現在法令等

親会社などの法人が保有する株式を売却する場合、個人株主のように20.315％の税率だけで計算するわけではありません。

法人が株式を売却して利益が出れば、その譲渡益を法人の所得に含め、本業の利益や損失などと合算したうえで法人税等を計算します。

そのため、同じ3億円で株式を売却しても、会社の利益状況や繰越欠損金などによって税負担が変わります。

法人株主の場合は、株式譲渡単体の税率を見るのではなく、売却を行う事業年度全体の課税所得を試算することが重要です。

事業譲渡では、会社そのものではなく、事業に必要な資産、負債、契約などを選んで譲渡します。

売主は会社なので、買い手から支払われる事業譲渡代金も原則として会社へ入ります。

ここが個人オーナーの株式譲渡との大きな違いです。

事業譲渡では、譲渡価額から譲渡する資産や負債の簿価などを基に譲渡損益を計算します。

たとえば、譲渡する事業の資産・負債を調整した簿価が1億円で、事業を3億円で譲渡した場合、単純化すれば2億円の譲渡益が生じます。

ただし、この2億円だけに決まった税率を掛ければ終わるわけではありません。他の事業の利益や損失などと合算して法人税等を計算するため、会社ごとに税額は異なります。

個人オーナーが株式を3億円で売れば、売却代金は個人に入ります。

一方、会社が事業を3億円で売れば、3億円は会社へ入ります。

さらに事業譲渡では会社段階で法人税等が発生し、その後に残った資金をオーナーが個人で受け取る場合には、役員退職金、配当、清算など別の課税関係を考える必要があります。

事業譲渡後に会社を清算する場合も、会社に残った現金がそのまま無税で個人へ移るわけではありません。株主への残余財産の分配では、資本金等の額との関係などによって、みなし配当や株式の譲渡所得に関する課税が生じる可能性があります。

そのため、事業譲渡の「オーナー手取り」を株式譲渡と比較する場合は、会社段階の課税と個人段階の課税を分けて試算する必要があります。

事業譲渡では、譲渡対象に消費税の課税資産が含まれることがあります。

建物、機械装置、車両、工具器具備品、営業権などは、取引条件によって消費税の課税対象となります。一方、土地など消費税が非課税となる資産もあります。

そのため、事業譲渡価格が3億円でも、3億円全額に一律で消費税がかかるわけではありません。

契約書では、土地、建物、機械、営業権などの価額を合理的に区分し、課税対象となる資産を確認する必要があります。

事業譲渡によって土地や建物の所有権を買い手へ移す場合は、不動産取得税や所有権移転登記に伴う登録免許税なども問題になります。

これらは主に買い手側の負担ですが、買い手はM&A価格だけでなく、税金や登記費用を含めた総投資額で買収を判断します。

不動産の割合が大きい事業譲渡では、売主側の税金だけでなく、買い手側の取得コストも価格交渉に影響します。

オーナー経営者の会社売却では、M&Aの前後に役員退職金を支給する方法が検討されることがあります。

一般的な退職所得は、次の計算を基本とします。

（退職金－退職所得控除額）×1／2

退職所得は給与所得などと異なる計算方法となるため、株式譲渡対価だけで受け取る場合と比べ、税負担が変わることがあります。

一方で、役員退職金は会社から支払われます。退職金を支給すれば会社の現預金が減るため、株式価値や買い手との価格交渉にも影響します。

そのため、

・株式譲渡価格

・役員退職金の金額

・会社側での税務上の取扱い

・オーナー個人にかかる所得税

・退職金支給後の会社の株価

を一緒に試算する必要があります。

また、役員等としての勤続年数が5年以下の人に支給される特定役員退職手当等については、退職所得控除後の金額を2分の1にする計算は適用されません。

出典：国税庁「No.2737 役員等の勤続年数が5年以下の者に対する退職手当等（特定役員退職手当等）」

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2737.htm

基準日：令和8年4月1日現在法令等

オーナーが株式を第三者へ売る場合と、自社に買い取ってもらう場合では課税関係が異なることがあります。

個人が非上場株式をその発行会社へ譲渡した場合、受け取った対価のうち、その株式に対応する資本金等の額を超える一定の部分は、配当所得とみなされる場合があります。これが「みなし配当」です。

そのため、自社株を会社に買い取ってもらう場合には、受取額全体を通常の株式譲渡と同じ20.315％だけで計算できるとは限りません。

なお、相続や遺贈によって取得した非上場株式を一定期間内にその発行会社へ譲渡する場合には、一定の要件を満たすことで、みなし配当課税を行わず、譲渡対価全額を株式の譲渡所得の収入金額とする特例があります。

出典：国税庁「No.1477 相続により取得した非上場株式をその発行会社に譲渡した場合の課税の特例」

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1477.htm

基準日：令和8年4月1日現在法令等

M&Aでは、株式譲渡や事業譲渡だけでなく、合併、会社分割、株式交換などの組織再編を組み合わせることがあります。

組織再編では、税制上の一定の要件を満たす「適格組織再編」に該当するかどうかが重要です。

適格組織再編に該当すれば、資産や負債を帳簿価額で引き継ぎ、移転時の譲渡損益に対する課税を繰り延べられる場合があります。

一方、非適格となれば、資産を時価で移転したものとして扱われ、含み益のある不動産などに課税が生じることがあります。

会社に不要な不動産や現預金などを残し、事業会社だけを買い手へ渡したい場合には、会社分割などが候補になることもあります。ただし、税金だけではなく、会社法上の手続、契約、許認可、金融機関との関係も確認する必要があります。

▶関連：M&Aの種類｜売却スキーム毎の特徴をわかりやすく解説、事例も紹介

多額の株式譲渡益が生じる個人オーナーは、通常の株式譲渡所得に対する税率だけでなく、「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置」も確認する必要があります。

2026年度税制改正では、この制度について、追加負担を計算する際の特別控除額が3億3,000万円から1億6,500万円へ引き下げられ、税率が22.5％から30％へ引き上げられました。

この見直しは2027年分以後の所得税から適用されます。

改正後は、概略として次の2つを比較します。

①通常の所得税額

②（基準となる所得金額－1億6,500万円）×30％

②が①を上回る場合、その差額を追加で申告・納税します。

判定対象となる所得は株式の譲渡所得だけではありません。財務省は、給与・事業所得、株式等の譲渡所得、土地建物の譲渡所得、その他の各種所得を合算した所得金額を基に判定する仕組みを示しています。

そのため、大きな株式譲渡益が見込まれる会社売却では、「株式譲渡だから20.315％」だけで最終手取りを計算すると実際の税負担とずれる可能性があります。

なお、売却価格が大きいだけで必ず追加課税が発生するわけではありません。取得費や譲渡費用、他の所得、通常の所得税額などを含めて計算する必要があります。

出典：財務省「令和8年度税制改正の大綱の概要」

https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/08taikou_gaiyou.htm

閣議決定：2025年12月26日

出典：財務省「特集 令和8年度 税制改正（国税）等について」

https://www.mof.go.jp/public_relations/finance/202604/202604c.html

公表：2026年4月

2027年1月からは、防衛特別所得税が創設されます。

防衛特別所得税は、基準所得税額に1％を掛けて計算します。一方で、同じ2027年分から復興特別所得税の税率は2.1％から1.1％へ引き下げられます。

つまり、

2026年分まで

復興特別所得税：基準所得税額の2.1％

2027年分以後

復興特別所得税：基準所得税額の1.1％

防衛特別所得税：基準所得税額の1％

となり、2つを合計した付加税率は2.1％のままです。

そのため、通常の株式譲渡については、この制度変更だけを理由として20.315％の合計税率が上がるわけではありません。

一方、前述した高額所得者への負担適正化措置は別の制度です。多額の譲渡益が出る場合には、こちらの追加負担を別途確認する必要があります。

出典：財務省「令和8年度税制改正の大綱」

https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/08taikou_06.htm

公表：2025年12月26日閣議決定

M&Aの税金は売主だけの問題ではありません。買い手が利用できる税制も、買収判断や資金計画に影響します。

中小企業事業再編投資損失準備金は、一定の中小企業者が、事業承継等事前調査に関する事項を記載した経営力向上計画の認定を受け、株式取得によるM&Aを行った場合などに利用できる制度です。

中小企業庁の制度資料では、2027年3月31日までに対象となる経営力向上計画の認定を受けた中小企業者について、取得価額10億円以下の株式取得によるM&Aの場合、株式等の取得対価の70％以下を準備金として積み立て、損金算入できる仕組みが示されています。

ただし、準備金は永久に税金がなくなる仕組みではありません。減損や株式売却など一定の事由が生じた場合には取り崩しが必要です。

買い手から見ると、M&A直後の税負担を一定期間繰り延べる効果がある制度といえます。

売主側でも、買い手が制度を利用できる案件かどうかを知っておくと、買収スキームや価格交渉を理解しやすくなります。

出典：中小企業庁「中小企業事業再編投資損失準備金【制度の概要】」

https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/kyoka/shigenshuyaku_zeisei/jyunbikin_tebiki.pdf

確認基準：2026年10月

会社売却の手取りを試算するときは、所得税や法人税だけではなく、周辺の税務も確認する必要があります。

特に見落としやすいのは次の項目です。

・株式の取得費を確認できる資料があるか

・取得費が不明な場合に5％相当額を使うか

・仲介手数料など譲渡費用にできる支出を整理できているか

・事業譲渡に消費税の課税資産が含まれているか

・不動産移転に伴う税金や登記費用があるか

・役員退職金が税務上妥当な金額か

・自己株式取得によってみなし配当が生じないか

・組織再編を行う場合に税制適格要件を満たすか

・2027年分以後の高額所得者への追加課税が関係するか

・納税時期まで必要な資金を残せるか

また、社会保険料については、株式譲渡益が生じれば必ず一定額増えるという単純な関係ではありません。加入している制度や他の所得などによって扱いが異なるため、個別に確認します。

税金を減らすことだけを目的にM&Aの方法を決めると、売却価格そのものが下がったり、買い手との交渉が難しくなったりする場合があります。

税額、譲渡価格、手取り、オーナーの引退後の資金をまとめて比較することが重要です。

M&Aで問題になる税金は、今回の売却にかかる税金だけではありません。

買い手が行う税務デューデリジェンスでは、対象会社の過去の税務処理についても確認されます。

確認対象になりやすいのは、法人税、消費税、源泉所得税、役員報酬、交際費、在庫、不動産、関連会社との取引などです。

中小企業では、役員借入金、役員貸付金、社宅、車両、保険、親族への給与などについて説明を求められることもあります。

これらが存在すること自体が直ちに問題なのではありません。重要なのは、取引の理由や税務処理を資料で説明できることです。

税務リスクが見つかれば、買収価格の調整やM&A契約の表明保証、補償条項の対象になる可能性があります。

売却を検討する段階で、決算書や申告書だけでなく、過去の税務処理まで整理しておくことが重要です。

M&Aが成立して売却代金が入っても、その日にすべての税金を納めるわけではありません。

個人株主の株式譲渡で譲渡所得が生じた場合は、原則として翌年の確定申告で所得税等を申告・納付します。住民税の負担時期も売却代金の入金時期とはずれます。

法人の場合も、事業譲渡や株式譲渡で利益が出た時点と、法人税等を実際に納付する時点には時間差があります。

そのため、売却代金が入った後に借入返済、不動産購入、資産運用などへ資金を使い過ぎると、後から納税資金が不足する可能性があります。

売却価格だけを見るのではなく、納税予定額を別に管理することが大切です。

会社売却を検討する段階では、少なくとも次の3つの金額を試算しておきましょう。

1つ目は「譲渡価格」です。

買い手が株式や事業に対していくら支払うのかを確認します。

2つ目は「税引後の手取り額」です。

株式の取得費、譲渡費用、所得税、住民税、法人税等、消費税、役員退職金など、選択するスキームに応じた税金と費用を反映します。

3つ目は「納税まで残しておく資金」です。

売却代金が入った時点で自由に使える金額と、後日納付するために確保しておく金額を分けます。

特に事業譲渡では、

・会社にいくら残るか

・そこからオーナー個人へいくら移せるか

・個人へ移す際にどの税金がかかるか

を分けて試算することが重要です。

具体的な税額を試算するには、会社や株式に関する資料が必要です。

相談前には、次の資料をできる範囲でそろえておくと検討が進みやすくなります。

・直近3期分の決算書

・直近3期分の法人税申告書

・消費税申告書

・固定資産台帳

・株主名簿

・会社設立時の資料

・株式取得時の払込金額などが分かる資料

・過去の株式譲渡契約書

・相続や贈与で株式を取得した場合の申告資料

・役員報酬の推移

・借入金明細

・主要契約書

・不動産の明細

特に、株式の取得費を確認できる資料は個人オーナーの税額に直接影響します。

資料がすべてそろっていなくても、M&Aの検討を止める必要はありません。ただし、何が不足しているのかを早めに確認し、代わりに取得費や過去の取引を説明できる資料がないかを探すことが重要です。

M&Aの税金は、株式譲渡か事業譲渡か、売主が個人か法人かによって大きく変わります。個人株主の株式譲渡では譲渡所得への課税を比較しやすい一方、事業譲渡では会社段階の法人税等に加えて、会社からオーナーへ資金を移す方法まで考える必要があります。役員退職金、消費税、みなし配当、組織再編、高額所得者への追加課税なども手取りを左右します。売却方法を決める前に、譲渡価格、税引後の手取り、納税まで残す資金の3つを試算し、税務とM&Aの条件を合わせて判断しましょう。