経営資源集約化税制活用で生産性向上と資金繰り改善を実現する

経営資源集約化税制とは？M&Aの適用要件・税効果・手続を解説

経営資源集約化税制と中堅・中小グループ化税制の違いを解説。M&Aで利用できる中小企業事業再編投資損失準備金について、通常枠70％、拡充枠90％・100％の適用要件、積立額の計算例、認定手続、適用期限、将来の取崩課税、売り手への影響まで、買収前に確認すべきポイントを分かりやすく紹介します。

目次:

1. 経営資源集約化税制とは？現在の制度名と仕組み
2. 中小企業事業再編投資損失準備金の対象と適用要件
3. 準備金はいくら積み立てられる？通常枠の計算例
4. 令和6年度改正で拡充された中堅・中小グループ化税制
5. 経営資源集約化税制を利用するための手続と流れ
6. 適用期限は2027年3月31日までの計画認定が基準
7. 準備金の取崩しと税制利用時の注意点
8. 売り手オーナーにとって経営資源集約化税制は何を意味するか
9. まとめ

▶目次ページ：企業買収（税制、補助金）

経営資源集約化税制は、M&A（合併・買収）で他社の株式を取得する中小企業などが、買収後の損失リスクに備えながら、税負担を将来に繰り延べられる制度です。

制度の中心となるのは「中小企業事業再編投資損失準備金」です。一定の要件を満たせば、株式取得価額の最大70％、拡充枠では最大90％または100％を準備金として積み立て、税務上の費用である損金に算入できます。

ただし、損金算入した金額に対する税金が永久に免除されるわけではありません。将来は準備金を取り崩し、課税所得に加える必要があります。

また、制度を利用するには、M&Aの契約や株式取得より前に進めるべき認定手続があります。買収後に申請すれば利用できるという制度ではありません。

この記事では、経営資源集約化税制の現在の位置付け、通常枠と拡充枠の違い、適用要件、手続、積立額の計算方法、適用期限を解説します。あわせて、売り手オーナーにとっての意味も説明します。

経営資源集約化税制は、中小企業がM&Aによって経営資源を引き継ぎ、生産性の向上や事業の成長を目指す取組を支援するために設けられた税制です。

現在、M&Aに伴う準備金の制度は「中小企業事業再編投資損失準備金」と呼ばれています。令和6年度税制改正では、複数回のM&Aを行う中堅・中小企業向けの拡充枠が設けられ、「中堅・中小グループ化税制」という名称も使われています。

従来の経営資源集約化税制は、M&Aによる株式取得後のリスクへの備えや、設備投資などを支援する税制をまとめて説明する際に使われてきた名称です。

その中で、株式取得に関する中心的な制度が中小企業事業再編投資損失準備金です。

令和6年度税制改正では、この準備金制度が拡充され、複数回のM&Aを行う企業向けに積立率の引上げと据置期間の延長が行われました。

現在は、次のように整理すると分かりやすくなります。

・通常枠：経営力向上計画の認定を受けた中小企業者向けの制度

・拡充枠：特別事業再編計画の認定を受け、複数回のM&Aを行う一定の中堅・中小企業向けの制度

どちらも中小企業事業再編投資損失準備金に関する措置ですが、認定制度や対象企業、積立率、据置期間などが異なります。

なお、M&A後の設備投資に使う中小企業経営強化税制や、従業員の給与を引き上げた場合の賃上げ促進税制は、それぞれ別の適用要件を持つ制度です。準備金制度を利用しただけで、これらの税制も自動的に適用されるわけではありません。

出典：中小企業庁「令和6年度版 中小企業税制」

https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/zeisei/pamphlet/zeisei_r6.pdf

準備金制度の目的は、M&A後に発生する可能性がある損失に備えながら、買い手企業の資金繰りを支援することです。

例えば、買収後に対象会社の簿外債務が見つかったり、主要な取引先との契約が終了したりすることがあります。簿外債務とは、決算書に十分に表れていない債務のことです。

こうしたリスクを完全になくすことは難しいため、一定の株式取得について準備金の積立てを認め、その金額を損金に算入できる仕組みが設けられています。

損金算入とは、法人税を計算するときに、その金額を税務上の費用として扱うことです。

ただし、準備金は実際に買収先へ支払う費用ではありません。また、積立額と同額の現金が国から支給されるわけでもありません。

課税所得を減らすことで当期の税負担を抑え、将来の取崩し時まで課税を繰り延べる仕組みです。

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準備金制度は、すべてのM&Aで利用できるわけではありません。

買い手企業の規模、株式取得の方法、買収金額、計画認定の有無などによって適用可否が変わります。

まずは通常枠の要件を確認し、過去のM&A実績や今回の取得金額によっては拡充枠も検討することが重要です。

通常枠の対象となるのは、青色申告書を提出する一定の中小企業者で、経営力向上計画の認定などの要件を満たす法人です。

中小企業者の規模要件としては、原則として資本金または出資金が1億円以下の法人などが挙げられます。

ただし、資本金だけで判断できるわけではありません。

大規模法人から一定割合以上の出資を受けている場合や、所得金額が一定の基準を超える場合などには、対象から外れることがあります。

また、通常枠は法人を対象とする制度であり、個人事業主が個人名義で株式を取得する場合に、そのまま利用できる制度ではありません。

買収を検討する段階で、自社が税法上の対象法人に該当するかを確認する必要があります。

通常枠では、一定の事業承継を伴う株式または持分の取得が対象となります。

取得価額は原則として10億円以下です。

ここで重要なのは、会社を買収する取引であっても、すべてのM&A手法が対象になるわけではないことです。

例えば、事業に必要な資産や契約を個別に引き継ぐ事業譲渡は、準備金制度の対象となる株式取得とは異なります。

また、同一の者に支配されている法人間で事業を移すなど、実質的な事業承継と認められない取引は対象外となります。

対象会社の株式を取得する場合でも、取引の当事者や支配関係を確認しなければなりません。

株式の購入代金だけでなく、取得に直接必要となる手数料などが取得価額に含まれる場合もあります。取得価額の判定は、契約内容と会計処理を踏まえて行います。

出典：中小企業庁「中小企業等経営強化法に基づく支援措置活用の手引き（令和7年度税制改正対応版）」

https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/kyoka/pdf/tebiki_zeiseikinyu.pdf

通常枠を利用するには、経営力向上計画の認定を受ける必要があります。

経営力向上計画とは、企業が生産性の向上などに向けて取り組む内容をまとめ、国の認定を受ける計画です。

準備金制度では、計画に事業承継等事前調査に関する事項を記載します。

事業承継等事前調査とは、M&Aで引き継ぐ会社の財務、税務、法務などを調べ、買収後の損失につながる問題がないか確認することです。一般にデューデリジェンス（DD）と呼ばれます。

例えば、次のような事項を確認します。

・決算書に表れていない債務がないか

・税金の申告や納付に問題がないか

・未払残業代などの労務上の問題がないか

・重要な取引契約に解除条件がないか

・対象会社の資産や負債が適切に評価されているか

認定手続では、所定の事業承継等事前調査チェックシートなどを用いて、調査予定や内容を確認します。

税制のために形式的な調査をするのではなく、買収価格の妥当性や引き継ぐリスクを把握するためにも重要な手続です。

出典：中小企業庁「中小企業事業再編投資損失準備金 Q&A」

https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/kyoka/shigenshuyaku_zeisei/qa.pdf

通常枠では、要件を満たす株式等の取得価額の70％を上限として、準備金を積み立てることができます。

積立額は上限までの範囲で決められますが、損金算入できる金額と実際に減る法人税額は同じではありません。

仮に、中小企業が対象会社の株式を3億円で取得し、通常枠の要件をすべて満たしたとします。

この場合の準備金の上限額は次のとおりです。

株式取得価額：3億円

積立率：70％

準備金の上限額：3億円×70％＝2億1,000万円

つまり、最大2億1,000万円を準備金として積み立て、損金算入できます。

ただし、これは2億1,000万円の法人税が減るという意味ではありません。

税額への影響は、会社の課税所得や適用される税率などによって変わります。

税負担への影響を、簡単な仮定で考えてみます。

買い手企業の準備金積立前の課税所得が3億円あり、2億1,000万円を損金算入できるとします。

この場合、ほかの税務調整がないと仮定すれば、課税所得は9,000万円になります。

仮に税率を30％とした単純計算では、準備金によって当期の税負担が6,300万円減る計算です。

 2億1,000万円×30％＝6,300万円

この30％は計算を分かりやすくするための仮定であり、実際の法人税率を示すものではありません。

実際の納税額は、法人税や地方税の税率、ほかの損金、税額控除、欠損金などによって異なります。

また、課税所得が少ない企業では、積立額に税率を掛けた金額がそのまま当期の節税額になるとは限りません。

そのため、準備金の上限額だけでなく、積立てを行う年度の利益見込みと将来の税負担を確認する必要があります。

通常枠で積み立てた準備金は、原則として5年間据え置きます。

その後、特別な取崩し事由がなければ、5年間で均等に取り崩し、益金に算入します。

益金とは、法人税を計算するときの収益に相当するものです。

例えば、2億1,000万円の準備金を積み立てた場合、5年間で均等に取り崩すと、年間の取崩額は4,200万円となります。

 2億1,000万円÷5年＝4,200万円

この4,200万円は、各年度の課税所得を増やす要因になります。

つまり、準備金制度は税金を永久に免除する仕組みではなく、買収時の税負担を将来へ移す仕組みです。

買収直後の資金繰りには効果があっても、将来の納税資金を考えずに利用すると、準備金の取崩し時に資金負担が重くなる可能性があります。

出典：国税庁「令和6年度 法人税関係法令の改正の概要」

https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hojin/kaisei_gaiyo2024/pdf/A.pdf

令和6年度税制改正では、複数回のM&Aによって企業グループを形成し、経営資源を集約する企業を支援するため、準備金制度の拡充枠が設けられました。

この拡充枠が、中堅・中小グループ化税制と呼ばれる制度です。

通常枠との大きな違いは、積立率の高さと据置期間の長さです。

拡充枠では、特別事業再編計画の認定を受けるなど、所定の要件を満たした場合に、次の積立率が適用されます。

・認定された特別事業再編計画内の1回目の対象株式取得：最大90％

・同じ認定計画内の2回目以降の対象株式取得：最大100％

ここでいう1回目、2回目は、原則として認定された特別事業再編計画内での対象株式取得の回数です。

会社設立後に初めて行うM&Aが、無条件に90％の対象になるという意味ではありません。

拡充枠の利用には、原則として過去5年以内に一定規模以上のM&Aを行った実績が必要です。

また、拡充枠では、対象となる株式または持分の取得価額が原則として1億円以上100億円以下であることなど、通常枠とは異なる要件があります。

同じM&Aについて通常枠と拡充枠を重複して適用することはできません。

出典：経済産業省「特別事業再編計画に係るガイドライン」（2025年1月版）

https://www.meti.go.jp/policy/jigyou_saisei/PDF/250114_tsaihen_guideline.pdf

拡充枠では、準備金の据置期間が原則10年間となります。

据置期間の終了後は、原則として5年間で均等に取り崩し、益金に算入します。

例えば、拡充枠の対象となる株式を5億円で取得し、90％の準備金を積み立てる場合を考えます。

株式取得価額：5億円

積立率：90％

準備金の上限額：4億5,000万円

取崩し事由が発生しなければ、原則として10年間据え置いた後、5年間で均等に取り崩します。

4億5,000万円÷5年＝年間9,000万円

通常枠より長期間にわたって課税を繰り延べられる一方、将来の取崩額も大きくなる可能性があります。

複数回のM&Aを行う企業では、各買収の準備金がいつ取り崩されるかを一覧にし、将来の利益や借入返済と合わせて管理することが重要です。

拡充枠を利用するには、産業競争力強化法に基づく特別事業再編計画の認定が必要です。

さらに、過去5年以内に取得価額1億円以上の一定のM&A実績があることなど、所定の要件を満たさなければなりません。

過去のM&A実績には、一定の株式取得のほか、吸収合併や事業譲受などが含まれます。ただし、過去の取引が実績要件を満たすことと、今回の株式取得が準備金の対象になることは別の判断です。

また、拡充枠では買収先が一定の中小企業者に該当することなども確認します。

過去の買収実績があれば必ず利用できる制度ではないため、認定計画の内容、買収先の規模、取得価額、取引方法を個別に確認する必要があります。

出典：中小企業庁「令和6年度版 中小企業税制」

https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/zeisei/pamphlet/zeisei_r6.pdf

準備金制度の利用では、税務申告だけでなく、M&Aの実行前から進める認定手続が重要です。

特に通常枠では、経営力向上計画の認定、事業承継等事前調査、M&Aの実行後の報告、準備金の積立てと確定申告を一連の流れとして管理する必要があります。

通常枠を利用する場合は、次の順序を基本として手続を進めます。

1．買収候補となる対象会社を具体化し、制度の適用可能性を確認する

2．財務、税務、法務などの事業承継等事前調査の内容を整理する

3．事業承継等事前調査チェックシートなどの必要書類を準備する

4．経営力向上計画を申請し、原則としてM&Aの最終合意前に認定を受ける

5．認定計画に沿って株式または持分を取得する

6．M&Aと事前調査の実施内容について所定の報告を行い、必要な確認書を取得する

7．決算で準備金を積み立て、必要書類を添付して確定申告する

実務上、注意したいのは計画認定とM&A契約の順序です。

税制の適用を検討しないまま最終契約を締結し、その後に認定を申請しようとしても、必要な要件を満たせない可能性があります。

デューデリジェンスの開始時期や契約の進め方によって必要な対応は異なるため、基本合意や調査の段階から税務担当者と日程を共有することが大切です。

出典：中小企業庁「中小企業事業再編投資損失準備金 Q&A」

https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/kyoka/shigenshuyaku_zeisei/qa.pdf

拡充枠を利用する場合は、経営力向上計画による通常枠とは異なり、特別事業再編計画の認定を受けます。

計画では、複数回のM&Aを通じてどのように経営資源を集約し、生産性や収益力を向上させるかを具体的に示す必要があります。

認定を受けるだけで税制の適用が確定するわけではありません。株式取得の内容や所定の基準について確認を受けるなど、税制適用に必要な手続があります。

また、計画内の対象M&Aの順序は積立率に関係します。

複数の買収案件を並行して進める場合には、どの取引を認定計画に含めるか、実行順序が変わった場合にどう扱われるかを事前に確認することが重要です。

出典：経済産業省「産業競争力強化法に基づく特別事業再編計画を初めて認定しました」（2025年2月14日）

https://www.meti.go.jp/press/2024/02/20250214002/20250214002.html

計画の認定を受け、対象となる株式を取得しただけでは、準備金の損金算入が自動的に行われるわけではありません。

取得した事業年度の決算で、所定の方法により準備金を積み立て、法人税の確定申告で必要な明細書などを提出する必要があります。

国税庁は、中小企業事業再編投資損失準備金に関する申告書類として、法人税申告書の別表十二（二）を公表しています。

申告時には、対象株式の取得価額、準備金の積立額、認定や確認に関する書類、過去の積立てや取崩しの状況などを確認します。

会計上の処理と税務上の取扱いが一致するとは限らないため、決算の直前ではなく、株式取得前から経理担当者と税理士が情報を共有することが重要です。

出典：国税庁「令和8年4月以降に提供した法人税等各種別表関係」

https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/shinkoku/itiran2026/01.htm

中小企業事業再編投資損失準備金について、公表されている制度資料では、通常枠と拡充枠の計画認定期限が2027年3月31日とされています。

通常枠では事業承継等事前調査に関する事項を記載した経営力向上計画、拡充枠では特別事業再編計画について、それぞれ期限までに認定を受けることが基準となります。

ただし、2027年3月31日までに認定を受ければ、どのような時期の株式取得でも無条件に適用できるわけではありません。

実際の株式取得時期、認定計画の内容、税法上の適用要件なども満たす必要があります。

2026年10月時点でM&Aを検討している企業は、認定期限までの残り期間だけでなく、契約締結予定日や株式取得予定日から逆算して手続を進める必要があります。

出典：中小企業庁「令和6年度版 中小企業税制」

https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/zeisei/pamphlet/zeisei_r6.pdf

準備金制度を利用するときは、積み立てる年度だけでなく、将来の取崩しについても確認しなければなりません。

据置期間が終了する前でも、一定の事由が発生した場合には、準備金の全部または一部を取り崩す必要があります。

準備金の取崩しが必要となる主な事由には、次のようなものがあります。

・経営力向上計画や特別事業再編計画の認定が取り消された場合

・取得した株式の全部または一部を売却するなどして保有しなくなった場合

・対象会社が解散した場合

・取得した株式の帳簿価額を減額した場合

・買い手企業が解散した場合

・一定の表明保証保険契約を締結した場合

表明保証保険とは、M&A契約で売り手が説明した事項に誤りがあり、買い手に損害が発生した場合などに備える保険です。

準備金制度では、支払限度額が5億円を超える一定の表明保証保険契約について、適用要件や取崩しに関する制限があります。

保険を付ければ必ず税制を利用できなくなるという意味ではありませんが、保険の条件によって取扱いが変わるため注意が必要です。

また、株式を売却した場合でも、取引内容によって全部を取り崩す場合と相当額を取り崩す場合があります。

将来のグループ再編や対象会社の売却を予定している場合は、税制利用前に取崩しの影響を確認しておく必要があります。

出典：国税庁「令和6年度 法人税関係法令の改正の概要」

https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hojin/kaisei_gaiyo2024/pdf/A.pdf

準備金制度によって買収直後の税負担を抑えられても、それだけでM&Aの採算が改善するとは限りません。

例えば、買収資金を借入金で調達した場合、買収後は借入返済が続きます。

さらに、対象会社の設備更新、システム統合、従業員の待遇改善などに資金が必要になることもあります。

こうした支出に加え、準備金の取崩しによる将来の税負担も見込む必要があります。

特に複数回のM&Aを行う企業では、買収ごとに準備金の積立年度と取崩開始年度が異なるため、税負担が特定の年度に集中する可能性があります。

買収価格、借入返済、PMI（M&A後の経営統合）、設備投資、人件費、税金を含めて資金計画を作ることが重要です。

また、M&A後の設備投資については、中小企業経営強化税制の適用を別途検討できる場合があります。

ただし、設備投資減税には設備の種類や取得時期、計画認定などの独自の要件があります。準備金制度を利用することを理由に、必要性の低い設備を購入することは避けるべきです。

税制は買収の資金計画を支える手段であり、買収価格が高すぎる取引を有利な取引に変えるものではありません。

経営資源集約化税制は、主に買い手企業が利用する制度です。

売り手オーナーが株式を譲渡した際の譲渡益に対する税金を、直接軽減する制度ではありません。

ただし、買い手が税制を利用できるかどうかは、買収後の資金計画や取引日程に影響する場合があります。

買い手企業が準備金制度を利用できれば、一定の税負担を将来に繰り延べられるため、M&A直後の資金繰りに余裕が生まれる可能性があります。

例えば、買収後に設備更新や人材採用が必要な対象会社では、買い手が税負担を繰り延べられることで、統合後の投資資金を確保しやすくなる場合があります。

その結果、買い手が資金調達や買収後の事業計画を立てやすくなり、取引を進めるうえでプラスに働く可能性があります。

ただし、買い手が税制を利用できるからといって、売却価格が必ず上がるわけではありません。

買収価格は、対象会社の利益、財務状況、将来の成長性、買収後のリスクなどを総合的に判断して決まります。

売り手は、税制による買い手の利益を前提に価格を決めるのではなく、自社の企業価値と譲渡条件を中心に交渉することが重要です。

買い手が準備金制度を利用する場合、売り手側にもデューデリジェンスへの協力や資料提出が求められます。

例えば、決算書、税務申告書、主要な契約書、借入金の資料、従業員に関する情報などが必要になる場合があります。

また、買い手が計画認定を受けるために、最終契約の締結時期を調整することも考えられます。

売り手としては、税制手続に必要な時間を理解しながらも、認定の取得だけを理由に契約日程を無制限に延ばさないことが重要です。

契約までの期限、資料提出の範囲、認定が得られなかった場合の取扱いなどを、当事者間で整理しておくと交渉を進めやすくなります。

また、買い手が税制を利用できない場合に買収価格や支払条件が変更されるのかについても、必要に応じて確認しておくとよいでしょう。

売り手にとって大切なのは、税制そのものよりも、税制利用が取引の確実性や譲渡条件にどのような影響を与えるかを見極めることです。

経営資源集約化税制の中心となる中小企業事業再編投資損失準備金は、M&Aの買い手が株式取得後のリスクに備え、税負担を将来へ繰り延べるための制度です。通常枠では取得価額の最大70％、中堅・中小グループ化税制と呼ばれる拡充枠では最大90％または100％を準備金として積み立てられます。ただし、対象企業や取得価額、計画認定などの要件があり、将来の取崩課税にも注意が必要です。買い手は2027年3月31日までの計画認定期限とM&Aの日程を確認し、買収価格や資金繰りと合わせて適用可否を判断しましょう。売り手も、買い手の税制利用が契約日程や譲渡条件に影響する可能性を理解しておくことが大切です。