不動産M&Aとは？売却との比較や手法と節税効果を事例で解説

不動産M&Aとは？会社売却で変わる税金と手取りを解説

目次

1. 不動産M&Aは株式で不動産を動かす会社売却
2. 現物売却と不動産M&Aで手取りが変わる理由
3. 売り手が不動産M&Aを検討しやすい場面
4. 買い手が不動産M&Aで得る利点と負うリスク
5. 株式譲渡と会社分割をどう選ぶか
6. 税金で見落としやすい注意点
7. 不動産M&Aを進める前に整理すること
8. まとめ

▶目次ページ：業種別M&A（様々な業界でのM&A）

不動産を売る話なのに、売買契約書の対象が「土地・建物」ではなく「株式」になる。ここが不動産M&Aの分かりにくいところです。不動産M&Aとは、M&A（合併・買収）の仕組みを使い、不動産を保有する会社の株式を譲渡することで、実質的に不動産を承継する取引をいいます。

通常の不動産売買では、土地や建物そのものを譲渡します。一方、不動産M&Aでは、不動産を持っている会社の株主が、買い手企業へ株式を売ります。買い手企業はその会社の経営権を取得し、会社を通じて不動産を保有します。

つまり、物件名義は会社のまま変わらず、株主が変わる取引です。オフィスビル、賃貸マンション、店舗、工場、自社ビル、ホテルなどを保有する会社で検討されることがあります。単なる物件取得ではなく、会社の権利義務をまとめて引き継ぐ点が特徴です。

不動産M&Aで多いのは、資産管理会社や不動産賃貸会社の株式を譲渡する方法です。会社の主な価値が不動産にある場合、買い手は物件の立地、賃料収入、稼働率、修繕履歴、含み益を重視して価格を検討します。

経営者側から見ると、物件を個別に売るのではなく、会社を出口にする方法ともいえます。後継者がいない、不動産管理を子どもに引き継がせたくない、相続前に資産を現金化したい。こうした悩みと相性があります。

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同じ不動産を手放す場合でも、現物売却と不動産M&Aでは、お金の流れが大きく違います。手元に残る金額を見誤ると、売却価格だけを見て有利不利を判断してしまうことがあります。

会社が不動産を現物で売却すると、売却代金は会社に入ります。売却益には法人税等がかかり、その後に会社を清算して株主へ残余財産を分配する場合、株主側でもみなし配当などの課税が生じることがあります。会社にお金が入っても、株主個人

この二段階の課税が、現物売却の大きな負担になりやすいところです。特に、古くから保有している土地や建物は簿価が低く、時価との差である含み益が大きくなりがちです。含み益が大きいほど、税負担の差も見えやすくなります。

不動産M&Aで株式譲渡を選ぶと、株式の売却代金は株主個人に直接入ります。個人株主が非上場会社の株式を譲渡する場合、原則として株式譲渡益に対して申告分離課税が適用され、所得税、住民税、復興特別所得税を合わせて20.315％の税率となります。

もちろん、取得費や譲渡費用、株主構成、会社の資産内容によって結果は変わります。それでも、現物不動産を売ってから会社を清算する方法と比べると、株主の手取りが増える可能性があります。ここが不動産M&Aに注目が集まる理由です。

買い手側にも違いがあります。通常の不動産売買では、不動産取得税、登録免許税、所有権移転登記の費用などが発生します。不動産M&Aでは、原則として不動産そのものの所有者は会社のままなので、物件の所有権移転登記は不要です。

大型物件や複数物件を取得する場合、この差は無視できません。ただし、買い手は会社ごと引き受けるため、税金が軽く見える分だけ、会社の中身を慎重に確認する必要があります。

不動産M&Aは、すべての不動産会社に向くわけではありません。向いているのは、物件を売るよりも会社ごと譲る方が、経営者の目的に合うケースです。

後継者不在の資産管理会社では、会社を残すこと自体が家族の負担になることがあります。賃貸管理、修繕、金融機関対応、テナント対応を次世代が望まないケースは珍しくありません。

この場合、現物不動産を1件ずつ売る方法だけでなく、会社の株式を譲渡して不動産と管理体制をまとめて承継してもらう選択肢があります。経営者は株式譲渡代金を受け取り、買い手は物件と運営体制を一体で引き継ぎます。

事業を止める予定でも、不動産、設備、従業員、取引先が残ることがあります。現物売却だけでは、原状回復費、設備処分、雇用終了、契約解除などの負担が重くなる場合があります。

不動産M&Aで買い手が事業を続ける場合、従業員の雇用やテナント契約、取引関係を維持しやすくなります。経営者にとっては、単に不動産を高く売るだけでなく、会社の終わらせ方を整える意味もあります。

買い手から見ると、不動産M&Aは一般の不動産市場に出ていない物件を取得する機会になります。長年地域に根付いた店舗、収益性のある賃貸物件、許認可と一体で価値を持つ施設などは、会社ごと取得することで価値を発揮することもあります。

ホテル、旅館、飲食店などでは、会社が持つ許認可や営業体制を引き継げる可能性があります。ただし、許認可は種類ごとに承継可否や届出の要否が異なるため、「会社ごと買えば必ず引き継げる」と決めつけないことが大切です。

買い手にとって不動産M&Aは、物件取得の近道に見えることがあります。登記コストを抑えられ、既存の賃貸借契約や運営体制を維持しやすいからです。しかし、見えない負債まで引き受ける点に注意が必要です。

株式譲渡で会社を取得すると、対象会社が保有する不動産、契約、従業員、許認可、取引関係を一体で承継できます。賃貸物件であれば、テナントとの契約を維持したまま賃料収入を得られる可能性があります。

また、現物売買で発生する不動産取得税や登録免許税が原則不要になるため、取得時のコストを抑えやすくなります。物件そのものを買うよりも、会社の株式を買う方が、全体として柔軟な価格交渉ができることもあります。

一方、株式譲渡では会社の権利義務をまとめて引き受けます。決算書に載っていない未払残業代、未払税金、修繕義務、訴訟リスク、債務保証、環境問題などが後から見つかることもあります。

これが簿外債務です。簿外債務とは、貸借対照表に明確に表示されていない負債や、将来負担になる可能性があるリスクをいいます。不動産M&Aでは、物件調査だけでなく、財務、税務、法務、労務のデューデリジェンスが欠かせません。デューデリジェンスとは、買収前に会社の中身を調べる手続です。

不動産M&Aは、現物不動産売買より期間が長くなる傾向があります。通常の不動産売買なら3か月から6か月程度で進むこともありますが、不動産M&Aでは相手探し、資料開示、企業価値評価、デューデリジェンス、契約交渉を経るため、半年から1年程度かかることもあります。

金融機関が融資を行う場合も、物件評価だけでなく、会社の財務内容や株式譲渡後の運営計画を確認します。買い手が見つかってからも、条件調整に時間がかかる点を見込んでおく必要があります。

不動産M&Aの中心は株式譲渡ですが、いつも単純な株式譲渡で済むとは限りません。本業を残したい、複数の不動産のうち一部だけ譲りたい、不要な資産や負債を整理したい。こうした場合は、会社分割を組み合わせることがあります。

株式譲渡は、不動産を保有する会社の株式を買い手へ譲渡する方法です。手続が比較的分かりやすく、物件、契約、従業員、借入金などを会社ごと引き継ぎます。

売り手にとっては、株主が直接対価を受け取れる点が大きな利点です。買い手にとっては、会社の中身を一括で引き継げる反面、不要な負債や契約も含まれる可能性があります。最終契約では、表明保証、価格調整、補償条項を丁寧に設計します。

会社分割は、会社の事業や資産を別会社へ移す組織再編の手法です。本業は残したいが、不動産だけを譲りたい場合や、複数物件のうち特定の資産だけを対象にしたい場合に検討されます。

たとえば、事業会社が自社ビルと本業を同じ会社で持っている場合、そのまま株式譲渡すると本業まで手放すことになります。そこで、会社分割で不動産を別会社へ移し、その会社の株式を譲渡する設計が考えられます。

会社分割では、税務上の適格要件を満たすかどうかが重要です。適格分割に該当すれば、資産や負債を帳簿価額で引き継ぎ、含み益への課税を繰り延べられる余地があります。非適格分割になると、時価で移転したものとして課税が生じることがあります。

ここは実務で判断が止まりやすいところです。形式だけ整えても、事業上の理由が乏しい場合は税務上のリスクが残ります。会社分割を使うときは、税金だけでなく、事業目的、債権者保護手続、契約移転、金融機関対応まで含めて検討します。

不動産M&Aは節税効果が期待される一方で、例外や落とし穴があります。「株式譲渡なら必ず税率20.315％で済む」と考えるのは危険です。

注意したいのが、短期所有土地の譲渡に類似する株式等の譲渡です。簡単にいうと、土地を多く持つ会社の株式を売る場合、実質的には短期所有土地を売ったのと近い取引として扱われることがあります。

一定の要件に該当すると、株式譲渡であっても、短期譲渡所得として所得税30％、住民税9％の課税対象になります。復興特別所得税も加わるため、通常の株式譲渡より税負担が重くなります。

特に確認すべきなのは、会社の総資産のうち土地等が占める割合、その土地等の所有期間、株主が株式を保有していた期間です。土地等または株式等の所有期間が短く、会社資産の大部分を土地等が占める場合には注意が必要です。

不動産M&Aでは、株式の売却日だけでなく、会社が土地をいつ取得したか、株主が株式をいつ取得したか、特殊関係株主等を含めた持株割合や譲渡割合まで確認します。決算書だけでは分からないため、固定資産台帳、登記事項証明書、取得時の契約書、株主名簿を早めにそろえておくと安心です。

株式譲渡は、原則として消費税の課税対象ではありません。また、株式を取得する取引であるため、通常は不動産取得税や所有権移転の登録免許税も生じません。

ただし、会社分割や事業譲渡を組み合わせる場合、不動産や建物、設備、営業資産の移転が関係します。建物には消費税が関係することがあり、現物移転があれば登記や流通税が発生する可能性もあります。スキームを決める前に、売り手の手取りと買い手の取得コストを同じ前提で試算することが重要です。

清算まで含めた比較が必要

現物売却と不動産M&Aを比べるときは、売却価格だけを比べてはいけません。現物売却の場合、法人税等、清算時の課税、残余財産の分配まで含めた手取りを確認します。不動産M&Aの場合は、株式譲渡益課税、短期所有土地類似株式の該当性、譲渡費用を反映します。

この比較をしないまま交渉を始めると、価格がまとまりかけた段階で税負担に気づき、案件が止まることがあります。意外と多い落とし穴です。

不動産M&Aは、準備の早さが交渉結果に影響します。買い手は不動産の価値だけでなく、会社の中身を見ます。最初に出す情報の精度が低いと、価格交渉で不利になりやすいです。

売り手は、直近3期程度の決算書、固定資産台帳、登記事項証明書、賃貸借契約書、修繕履歴、借入金明細、担保設定の状況、株主名簿を整理します。未払金、役員借入金、連帯保証、保証債務も早めに確認します。

不動産の種類も重要です。オフィスビル、マンション、店舗、工場、ホテル、自社ビルでは、買い手の見方が変わります。不動産業として賃貸・管理をしている会社なのか、本業は別で不動産だけを保有している会社なのかも、スキーム選定に影響します。

経営者側では、最低希望価格、譲渡希望時期、従業員の雇用、取引先への説明時期、金融機関への対応、個人保証の解除方針を整理します。価格だけでなく、誰に引き継いでもらうかも重要です。

買い手側では、物件の収益性、将来の修繕費、法令違反の有無、許認可の維持、既存契約の内容を確認します。会社ごと引き受ける以上、買収後に運営できるかどうかが判断の軸になります。

不動産M&Aは、不動産、税務、会計、法務、M&A実務が重なる分野です。相談は、買い手候補が現れてからでは遅いことがあります。特に会社分割を使う場合や、短期所有土地に該当する可能性がある場合は、初期段階で税務試算を行うべきです。

自社が売り手なのか買い手なのか、対象法人が不動産業なのか資産保有会社なのか、物件の種類とおおよその規模はどの程度か。この3点を整理しておくと、初回相談でも具体的な検討に入りやすくなります。

不動産M&Aは、不動産を保有する会社の株式を譲渡し、現物売却とは異なる形で資産や事業を承継する方法です。税金や手取りで有利になることがある一方、簿外債務、許認可、短期所有土地の例外には注意が必要です。まずは自社の資産構成と株式譲渡後の手取りを把握し、現物売却と比べて判断することが大切です。